Linux環(huán)境下的軟件安裝準(zhǔn)備工作：

檢查有沒有bzip2(解壓軟件）-沒有，輸入yum install -y bzip2安裝

下載miniconda（類似APP store）

搜索miniconda——linux下有64bit/32bit（根據(jù)自己服務(wù)器來選擇）安裝python3.6——復(fù)制鏈接——cd biosoft進(jìn)入biosoft 目錄——wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh——下載完成

安裝miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh開始安裝——一路Enter，看yes/no輸入yes——回車——安裝結(jié)束輸入yes——激活source ~/.bashrc——命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了，出現(xiàn)一行簡(jiǎn)短的報(bào)錯(cuò)說明掛了。
添加鏡像---使用清華鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

把上面的代碼一行一行復(fù)制到命令行，粘貼、回車。

開始使用condan

查看當(dāng)前所有軟件列表 conda list
搜索軟件conda search fastqc
安裝軟件 conda install fastqc -y【加上-y是自動(dòng)安裝，你可以試試不加-y有什么區(qū)別】
卸載軟件 conda remove fastqc -y

conda環(huán)境

查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境conda info --envs
建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成)conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
激活環(huán)境conda activate rna-seq輸入fastqc開始使用
卸載環(huán)境中一個(gè)軟件conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸載所有軟件——conda deactivate退出當(dāng)前環(huán)境——conda remove -n rna-seq --all卸載環(huán)境

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