Smart-ChIP? ChIP Kit
組分清單（共計19個組分）
備注：本實驗攻略所采用的ChIP Kit信息如下：
Engibody, Cat no:ChIP-1001, 名稱:Smart-ChIP?ChIP Kit
通用試劑
? 目的蛋白抗體（ChIP級抗體）
注意：如果不是使用未偶聯(lián)任何基團的單純抗體，而是使用商品化的抗體偶聯(lián)beads（最常用的是ChIP級的GFP抗體偶聯(lián)磁珠），那么在ChIP實驗中則不需要做標準Protocol中的Protein A/G 磁珠捕獲抗體-染色質復合物這一步了。因為GFP 抗體偶聯(lián)磁珠已經(jīng)一步到位，直接捕獲了目的染色質片段（GFP抗體磁珠通過識別、結合染色質上的GFP融合轉錄因子而捕獲目的染色質），然后就可以進入標準Protocol中的Wash洗滌環(huán)節(jié)了。
? 37% 甲醛Formaldehyde(必須是保質期內(nèi)的，新鮮的)
? 無核酸酶的滅菌水DNase and RNase-free sterile H2O (例如Millipore Nuclease-free water, Cat# 3098)
?1×PBS, 1×TBS, 緩沖液使用前必須預冷
?2%瓊脂糖凝膠及無水乙醇
?苯酚-氯仿-異戊醇混合物（V/V，25:24:1），sigma，貨號：516726
?Smart-Lib? DNA建庫試劑盒 for illumina? （超聲及MNase法），品牌：Engibody，貨號為LIB-SEQ-30000-12。用于ChIP-seq中對免疫富集得到的DNA片段進行測序文庫構建時需要。
? 全長接頭試劑盒Multiplex Oligos for Illumina? (Full Length
Adaptors) (for ChIP-seq, CUT&RUN)，品牌：Engibody，貨號為LIB-SEQ-30001，用于ChIP-seq中對免疫富集得到的DNA片段進行測序文庫構建時需要。
? 蛋白酶抑制劑Protease Inhibitor Cocktail及磷酸酶抑制劑Phosphatase Inhibitor Cocktail
注意：
1、必須使用不含EDTA的蛋白酶抑制劑，例如Roche的cOmplete?蛋白酶抑制劑混合物，就是不含EDTA的，貨號11873580001， 含有20個tablets，水溶劑型。將一片cOmplete蛋白酶抑制劑片劑溶于2ml無核酸酶水，現(xiàn)配25×的stock buffer。
2、因為極易失效，一定要現(xiàn)用現(xiàn)配。
3、磷酸酶抑制劑對保留轉錄因子等蛋白的磷酸化修飾極其重要。
儀器與耗材
? 細胞刮Cell scraper
? 研缽
? 杜恩斯玻璃勻漿器（品牌：sigma，貨號：D9063，品名：KIMBLE Dounce組織勻漿套裝，規(guī)格：7mL）
? 細胞篩網(wǎng)Cell Strainer (fisher細胞篩網(wǎng), 膜孔徑70 μm)
? 水平搖床Orbital shaker
?1.5ml孔的磁力架 (品名：24-Tube Magnetic Separation Rack，品牌：Engibody, 貨號: IF9050，規(guī)格：24*1.5mL / 2mL)
?Vortexmixer
? 旋轉混勻儀
? 微量高速冷凍離心機
? 低速離心機（用于細胞收集）
? 超聲儀Sonicator （僅在甲醛固定交聯(lián)樣本的ChIP實驗中需要）
? 恒溫金屬浴Thermomixer
? 恒溫水浴鍋
?DNA水平電泳儀（用于DNA片段大小的質控）
? 凝膠成像儀（用于DNA片段大小的質控）
?Nanodrop微量分光光度計（用于DNA片段濃度的測定）
? 常規(guī)PCR儀Thermal cycler（僅在ChIP下游的PCR實驗中需要）
? 熒光定量PCR儀Thermal cycler（僅在ChIP下游的熒光定量PCR實驗中需要）
?DNA
NGS測序儀（Illumina測序儀）（僅在ChIP下游的sequence測序中需要）
實驗防護:
? 請在實驗中穿好實驗服，帶上口罩和手套，避免吸入試劑。
? 蛋白酶抑制劑及磷酸酶抑制劑有毒, 避免吸入及皮膚接觸。
? 操作甲醛應該置于通風櫥中，避免吸入和皮膚接觸。
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