前面給大家介紹了

? GO富集分析弦圖怎么看

? 【R語言】繪制GO富集分析弦圖

? 【實戰(zhàn)】R語言繪制GO富集分析弦圖

從前面的內(nèi)容不難看出，不論是用到的R包GOplot還是繪圖用到的函數(shù)GOChord，似乎都是為展示GO富集分析結(jié)果量身定做的。那么問題來了，如果我們也想用弦圖來展示KEGG富集分析結(jié)果怎么辦？

答案很簡單，改它~ 改它~ 改它~

就像我們前面講circleplot一樣，也是用的GOplot這個包，函數(shù)的名字叫GOCircle，是不是熟悉的味道。我們一樣用這個GOCircle函數(shù)同時畫出了GO和KEGG的circleplot。

? circleplot展示GO富集分析結(jié)果

? 【實戰(zhàn)】circleplot展示GO富集分析結(jié)果—附R代碼

? 【R語言】circleplot展示KEGG富集分析結(jié)果

同樣的道理，我們只需要稍微修改一下GOChord這個函數(shù)，并且組織一下KEGG富集分析的結(jié)果，讓他能夠滿足這個函數(shù)的要求，就大功告成了。

我們可以看到GO富集弦圖的圖注的標題是GO Terms，我們要將其修改成KEGG pathways。讓后弦圖中每一個色塊從代表一個GO條目變成代表一個KEGG通路。

在?【R語言】繪制GO富集分析弦圖中我們提到，繪制GO富集弦圖需要準備四部分的數(shù)據(jù)。同樣繪制KEGG富集分析弦圖也需要準備相應(yīng)的四部分的數(shù)據(jù)。

1. KEGG富集分析的結(jié)果

可以參考往期內(nèi)容獲取GO富集分析結(jié)果

? GO和KEGG富集分析視頻講解

? DAVID進行GO/KEGG富集分析及結(jié)果可視化

2. 差異表達分析結(jié)果

TCGA數(shù)據(jù)差異表達分析可以參考

? R代碼TCGA差異表達分析

? 零代碼TCGA差異表達分析

GEO中數(shù)據(jù)差異表達分析可以參考

? 零代碼差異表達分析工具：GEO2R

? GEO芯片數(shù)據(jù)差異表達分析

3. 需要展示的基因名字可以直接從差異表達分析結(jié)果中根據(jù)p.adj和logFC來進行挑選，當然也可以根據(jù)自己的興趣來挑選。

4.需要展示的KEGG通路名字

可以從KEGG富集分析結(jié)果中，根據(jù)FDR來挑選，當然也可以根據(jù)自己的需求來挑選。

最終我們可以得到下面這張KEGG富集分析的弦圖

完整繪圖代碼+詳細注釋見下文

R繪制KEGG富集弦圖