組裝細(xì)菌基因組

一、從上Genome Announcements網(wǎng)站（https://mra.asm.org/）找一篇細(xì)菌基因組文章；找到文章記載的SRA號(hào)，如SRR9305630

二、從SRA數(shù)據(jù)庫上用prefetch下載該文件

prefetch SRR9305630

三、Fastq-dump解壓

fastq-dump --gzip --split-files SRR9305630.sra

四、Fastqc評(píng)價(jià)數(shù)據(jù)質(zhì)量；

fastqc SRR9305630_1.fastq.gz

fastqc SRR9305630_2.fastq.gz

數(shù)據(jù)過濾，去接頭

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR9305630_1.fastq.gz SRR9305630_2.fastq.gz ./output_forward_paired.fq.gz ./output_forward_unpaired.fq.gz ./output_reverse_paired.fq.gz ./output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/wangfuhao/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

image.png

五、Spades組裝基因組草圖
運(yùn)行 SPAdes 組裝細(xì)菌基因組

spades.py --careful --pe1-1 SRR9305630_1.fastq.gz --pe1-2 SRR9305630_2.fastq.gz -o ./SPAdesout_7942_new

出現(xiàn)錯(cuò)誤，內(nèi)存不夠

用seqtk抽取100000條再試試

先解壓
gunzip -c output_forward_paired.fq >output_forward_paired.fq
gunzip -c output_reserve_paired.fq >output_reserve_paired.fq
抽取100000條
seqtk sample -s 60 output_forward_paired.fq 100000 >seqtksample_100000.fq
seqtk sample -s 60 output_reserve_paired.fq 100000 >seqtksample2_100000.fq
再次執(zhí)行
spades.py --careful --pe1-1 seqtksample_100000.fq --pe1-2 100000 >seqtksample2_100000.fq -o ./SPAdesout_7942_new

有錯(cuò)誤，但是算是完成了這一步

六、Quast評(píng)價(jià)組裝的基因組效果

quast.py ~/ncbi/public/sra/SPAdesout_7942_new/contigs.fasta -o ~/SPAdesout_7942_new/quast_out

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