Automatic resolution of sequence identifiers
The BLAST+ search applications support automatic resolution of query and subject sequence identifiers specified as GIs or accessions (see the cookbook section for an example). This feature enables the user to specify one or more sequence identifiers (GIs and/or accessions, one per line) in a file as the input to the -query and -subject command line options. Upon encountering this type of input, by default the BLAST+ search applications will try to resolve these sequence identifiers in locally available BLAST databases first, then in the BLAST databases at NCBI, and finally in Genbank (the latter two data sources require a properly configured internet connection). These data sources can be configured via the DATA_LOADERS configuration option and the BLAST databases to search can be configured via the BLASTDB_PROT_DATA_LOADER and BLASTDB_NUCL_DATA_LOADER configuration options (see the section on Configuring BLAST).
自動分辨序列標識符
BLAST +搜索應用程序支持自動解析指定為GI或加入的查詢和主題序列標識符（有關示例，請參閱coobook 部分）。 此功能使用戶能夠在文件中指定一個或多個序列標識符（GI和/或入口，每行一個）作為-query和-subject命令行選項的輸入。
在遇到這種類型的輸入時，默認情況下，BLAST +搜索應用程序將首先嘗試在本地可用的BLAST數據庫中解析這些序列標識符，然后在NCBI的BLAST數據庫中，最后在Genbank中（后兩個數據源需要正確配置的互聯(lián)網 連接）。 可以通過DATA_LOADERS配置選項配置這些數據源，并且可以通過BLASTDB_PROT_DATA_LOADER和BLASTDB_NUCL_DATA_LOADER配置選項來配置要搜索的BLAST數據庫（請參閱配置BLAST部分）。
本地化數據庫：http://wangyufeng222.blog.163.com/blog/static/12822207020101013105158335/
參考：http://blog.sciencenet.cn/blog-981687-725295.html
格式化數據庫
makeprofiledb -title Pfam.v.xxx -in Pfam.pn -out Pfam -threshold 9.82 -scale 100.0 -dbtype rps -index true
source .bashrc
blastp
blastp -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out.txt' -task 'blastp' -db 'Cdd'
huangle@huangle-ThinkStation-P300:~/CDD/cdd$
rpsblast
rpsblast -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out-rpsblast1.txt' -db '/home/huangle/data/cdd/Cdd' -evalue '1e-23' -outfmt 7
rpsblast -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out-rpsblast.txt' -db Cdd -evalue 1e-23
我的sh文件:
rpsblast.sh 有點慢
rpsblast -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out-rpsblast1.txt' -db '/home/huangle/data/cdd/Cdd' -evalue '1e-23' -outfmt 7
