KEGG富集分析相信大家都并不陌生。前面小編給大家系統(tǒng)的介紹了

? R進(jìn)行GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

? DAVID進(jìn)行GO/KEGG富集分析及結(jié)果可視化

我們知道對GO和KEGG富集分析得到的結(jié)果進(jìn)行可視化的時(shí)候，一般都是展示top10，或者top20最顯著的GO條目或者KEGG通路。而這里的top10或者top20的富集結(jié)果一般是按照FDR來從小到大排序的。

經(jīng)常有粉絲會(huì)問，能不能只展示自己感興趣的GO或者KEGG結(jié)果。因?yàn)楦约貉芯肯嚓P(guān)的結(jié)果不在Top10或者Top20里面，但是FDR確實(shí)是顯著的。答案是肯定的。不論你是用R得到的富集分析結(jié)果還是使用DAVID網(wǎng)頁工具得到的富集分析結(jié)果，我們都能對富集結(jié)果進(jìn)行挑選，然后再使用R進(jìn)行可視化。【R】氣泡圖和柱形圖展示挑選的KEGG通路

前面也給大家講解過? 展示DAVID富集分析結(jié)果中感興趣的GO條目和KEGG通路

也用視頻給大家詳細(xì)演示了? 如何挑選感興趣的KEGG通路進(jìn)行展示

下面給大家舉一個(gè)例子。假設(shè)下面這張表是我們得到的完整的KEGG富集分析結(jié)果。而標(biāo)黃的是我們比較感興趣的KEGG通路，想展示在文章中。

直接使用barplot或者dotplot來展示top10或者top20，顯然是不能滿足我們要求的。這個(gè)時(shí)候需要從原始的包含所有KEGG富集分析結(jié)果的文件KEGG-enrich.csv中挑選出標(biāo)黃的行，另存為一個(gè)叫KEGG-enrich_selected.csv的文件中，然后使用R代碼來展示挑選出的10條通路。

可以得到如下的柱形圖，都是我們感興趣的通路。

氣泡圖