今天給大家分享幾種RNA和蛋白互作檢測的實驗技術(shù)，實驗方法在這里沒有詳細(xì)描述，只是讓大家對這幾種實驗技術(shù)原理有個初步的認(rèn)識了解。感興趣的可以專門閱讀文獻(xiàn)去深入學(xué)習(xí)，下面我們來看下這幾種實驗技術(shù)。

一、RIP

RIP技術(shù)（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀），是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)。

簡而言之，RIP是在已知蛋白的情況下，利用目標(biāo)蛋白的抗體，把蛋白和RNA復(fù)合物一起沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化獲得結(jié)合在復(fù)合物上的RNA，最后通過microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或高通量測序（RIP-Seq）方法來鑒定。

如下圖顯示的就是通過RIP技術(shù)，獲得RNA后，進(jìn)行的qPCR分析。

二、RNA pull-down

RNA pull-down是檢測RNA結(jié)合蛋白與其靶RNA之間相互作用的主要實驗手段之一。RNA pull-down使用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。該復(fù)合物可與鏈親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，從而與孵育液中的其他成分分離。復(fù)合物洗脫后，通過Western Blot實驗檢測特定的RNA結(jié)合蛋白是否與RNA相互作用。

簡而言之，就是已知RNA，去獲得未知的RNA結(jié)合蛋白的過程。

三、CLIP

Clip(crosslinking-immunprecipitation)染色質(zhì)免疫沉淀，是一項體內(nèi)研究RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù)。其主要原理是基于RNA與其相應(yīng)的RNA結(jié)合蛋白會在紫外照射下會發(fā)生共價結(jié)合，以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白復(fù)合物沉淀之后，回收其中的RNA片段，進(jìn)行qRT-PCR檢測或測序分析。

四、RNA-蛋白FISH（?免疫熒光原位雜交技術(shù)）

用已知的熒光標(biāo)記單鏈核酸為探針，按照堿基互補的原則，與待檢材料中未知的單鏈核酸進(jìn)行異性結(jié)合，形成可被檢測的雜交雙鏈核酸，然后用目的蛋白抗體與細(xì)胞進(jìn)行孵育，用帶熒光標(biāo)記的二抗孵育檢測細(xì)胞內(nèi)RNA和蛋白的表達(dá)和互作定位。

如下圖，XIST為lncRNA，TAF15為RBP，黃色部分是XIST和TAF15重合部分，可以發(fā)現(xiàn)lncRNA XIST與RNA結(jié)合蛋白TAF15之間存在著互作。