第一個(gè)季度完成情況
上個(gè)季度的計(jì)劃寫的時(shí)候內(nèi)容就很多，那時(shí)候又想補(bǔ)短板，把R語(yǔ)言進(jìn)階到寫包水平，又剛好加入DAIR團(tuán)隊(duì)實(shí)習(xí)，有大量的深度學(xué)習(xí)工作要做。沒(méi)想到自己能夠基本完成，大概有7分努力，還算不錯(cuò)。
但是依然存在一些問(wèn)題。細(xì)節(jié)做的不是很到位，GNN的學(xué)習(xí)欠缺火候，pytorch和理論算法有欠缺，接下來(lái)做項(xiàng)目肯定需要彌補(bǔ)，欠下的總得還。
總結(jié)一些經(jīng)驗(yàn)
自學(xué)的部分R語(yǔ)言還算認(rèn)真，但是神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)由于涉及到大量的數(shù)學(xué)公式和計(jì)算機(jī)通信學(xué)的理論知識(shí)，所以自己也是囫圇吞棗。
后期正式開學(xué)后，張老師時(shí)常會(huì)關(guān)心我的學(xué)習(xí)收獲和研究計(jì)劃進(jìn)展，這是一個(gè)很好的推動(dòng)力，會(huì)推著自己不斷努力去查找資料和完善計(jì)劃，而不是在辦公室一個(gè)人悶頭低效率的苦干。所以非常感謝張老師。
DeepMeta項(xiàng)目
DeepMeta的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)從3月4日開始，一直持續(xù)到3月27日，差不多才初見(jiàn)雛形，各個(gè)環(huán)節(jié)也基本推敲過(guò)，比以前設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)有進(jìn)步。
但是仍有細(xì)節(jié)需要完善，包括：
- 模型的原始數(shù)據(jù)預(yù)處理
- 模型的比較
- 生物學(xué)上的驗(yàn)證
- 模型是否能優(yōu)化
- 參數(shù)的優(yōu)化和調(diào)整
其中我認(rèn)為生物學(xué)上的驗(yàn)證和繼續(xù)探索，更為重要，所以這個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)仍需努力，我計(jì)劃一邊做前期工作的時(shí)候，不斷積累相關(guān)知識(shí)思考后期驗(yàn)證。
| 時(shí)間段 | 任務(wù)內(nèi)容 | 目標(biāo) |
|---|---|---|
| 3月28日-4月3日，一周 | 細(xì)化和完善初步的研究計(jì)劃 | 雖然計(jì)劃是初步的，但是一定是很詳細(xì)可執(zhí)行的，驗(yàn)證部分也需要去思考 |
| 4月4日-4月17日，二周 | 完成數(shù)據(jù)的收集整理 | 寫script批量收集數(shù)據(jù)，明確和執(zhí)行數(shù)據(jù)的清洗和過(guò)濾細(xì)節(jié) |
| 4月18日-4月30日，二周 | 完成數(shù)據(jù)的preprocessing | 生成模型input前的pan-cancer matrix |
| 5月1日-5月15日，二周 | 建模的預(yù)處理 | 生成圖結(jié)構(gòu)的三個(gè)矩陣，明確模型代碼 |
| 5月16日-5月29日，二周 | 正式跑模型 | 研究模型的優(yōu)化和perfromance |
| 3月28日-5月29日 | 線程2:思考模型的延展問(wèn)題，發(fā)什么期刊 | 怎樣把問(wèn)題深入到生物學(xué)問(wèn)題里，尋求驗(yàn)證。co-expression？WGCNA或是其它？ |
| 5月30日-6月5日，一周 | 模型驗(yàn)證 | validation和robustness |
| 6月6日-6月19日，兩周 | 完成生物學(xué)問(wèn)題的扣題分析 | 梳理更深入的生物學(xué)問(wèn)題 |
| 6月20日-6月30日，10天 | 完成初稿 | 開始投稿 |
預(yù)估第三季度計(jì)劃
CUHK如果去不了，8月份要考一次GRE，GRE一般的準(zhǔn)備時(shí)間為3-4個(gè)月，所以我4月就要開始準(zhǔn)備，但是和研究計(jì)劃沖突了，還是先保證項(xiàng)目再考慮GRE。試試抓緊時(shí)間push進(jìn)度，6月開始準(zhǔn)備2-3個(gè)月試試，4月份開始每天做完項(xiàng)目就開始背單詞。
完成這個(gè)項(xiàng)目之后開始進(jìn)入新一輪的申請(qǐng)，陶瓷聯(lián)系香港、新加坡、歐洲等地不需要GRE成績(jī)的地方。
如果確定了CUHK，也要把這個(gè)項(xiàng)目做完，掛名哪里需要溝通但是問(wèn)題不大。爭(zhēng)取7月份到HK，第三季度開始新的項(xiàng)目，于此同時(shí)投稿修稿。新的項(xiàng)目思路是有前端的數(shù)據(jù)挖掘生信分析+模型+驗(yàn)證，目標(biāo)是1區(qū)7分以上文章，為期一年。
