最近CUT&Tag技術(shù)逐步發(fā)展起來(lái)了，我也趁此機(jī)會(huì)學(xué)習(xí)一下。

首先

學(xué)習(xí)CUT&Tag一定離不開(kāi)這篇文章：CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells，文章詳述了CUT&Tag的實(shí)驗(yàn)方案、詳細(xì)結(jié)果，以及和其他兩個(gè)技術(shù)的ChIP-seq、CUT&RUN的結(jié)果比較，文末附有大神的解讀鏈接。

nature comm，2019

CUT&Tag概述

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag）是一種研究蛋白質(zhì)與DNA互作的新方法。該方法通過(guò)分子生物學(xué)手段將高活性的Tn5轉(zhuǎn)座酶與Protein A融合，并裝載建庫(kù)接頭引物形成pA-Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合物。在抗體的引導(dǎo)下該pA-Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。與傳統(tǒng)ChIP-Seq相比，該技術(shù)無(wú)需交聯(lián)與超聲打斷操作，規(guī)避了其所引起的抗原決定簇遮蓋和樣本損失問(wèn)題，提高了信噪比，并使所需細(xì)胞量減少（可低至60個(gè)）。與CUT&Run相比，該技術(shù)在pA-Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合物進(jìn)行切割時(shí)在切割片段的兩端加上接頭序列，可直接PCR建庫(kù)，無(wú)需末端抹平和接頭連接的操作，省時(shí)高效。

實(shí)驗(yàn)流程

細(xì)胞預(yù)處理，結(jié)合一抗，結(jié)合二抗，結(jié)合PA-Tn5，片段化后DNA提取，PCR擴(kuò)增及后處理。

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分析流程

分析部分幾乎和ChIP-seq一致，只要call到了peak后邊的分析想咋做咋做。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

關(guān)于技術(shù)優(yōu)勢(shì)不得不放兩張圖，前文提到的NC文獻(xiàn)里的兩張經(jīng)典清晰明了的圖。

Nature comm，2019

通過(guò)這兩張圖，立馬能自己總結(jié)出的優(yōu)勢(shì)：1、相同測(cè)序數(shù)據(jù)量下CUT&Tag信噪比很高，不需要像ChIP-seq一樣做input了；2、信號(hào)值比CUT&RUN稍高一些，更別說(shuō)和ChIP-seq比了，自行看圖；其次通過(guò)前邊的實(shí)驗(yàn)流程可發(fā)現(xiàn)的優(yōu)勢(shì)：3、實(shí)驗(yàn)材料無(wú)需交聯(lián)，建庫(kù)時(shí)間短；另外，4、實(shí)驗(yàn)材料適用量少，適用于珍稀樣本。唯一不好的地方在于：目前價(jià)格可能比ChIP-seq稍貴一丟丟，植物組織樣本的處理不太成熟。

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參考學(xué)習(xí)：

1、解讀CUT&Tag

2、ChIP-seq和CUT&Tag技術(shù)

3、CUT&Tag 技術(shù)解析和應(yīng)用

Kaya-Okur, H.S., Wu, S.J., Codomo, C.A.?et al.?CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.?Nat Commun?10,?1930 (2019). https://doi.org/10.1038/s41467-019-09982-5