Linux之軟件安裝

Miniconda

軟件下載器，類似于APP store，90%軟件可直搜直用。

Linux 軟件管理.png

如何下載Miniconda

• Key words：miniconda 清華
• 進入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
  linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)兩種版本。根據(jù)自己服務器是多少位，輸入命令
  uname -a
• 安裝python3.6對應的版本 (右鍵-復制下載鏈接)
• 進入biosoft目錄
  cd ~/biosoft
• 下載Miniconda
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  或者（cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
  【意思就是拷貝doudou目錄下的這個安裝包到你的biosoft目錄】）

如何安裝Miniconda

• 開始安裝
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• Enter跳過確認版權信息直到 輸入Yes 確認
  -激活conda
  source ~/.bashrc
• 添加鏡像

# 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

正式使用conda

• 查看當前所有軟件列表
  conda list
• 搜索軟件 (這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例)
  conda search fastqc
• 安裝軟件 (加上-y是自動安裝)
  conda install fastqc -y

默認安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本
如果要指定版本號，可以 conda install fastqc=0.11.7 -

• 卸載軟件
  conda remove fastqc -y

Conda環(huán)境

生信實戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
辦法就是分身??！按照你的項目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。(Ref: 生信星球)

• 先查看當前conda環(huán)境
  conda info --envs
  (前面帶*的是默認環(huán)境)
• 以轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理為例，
  1，首先要建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，
  2，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）,
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  3, 創(chuàng)建完之后，再次查看一下我們的conda環(huán)境，
  conda info --envs
  看是不是多了一個rna-seq。但是發(fā)現(xiàn)，默認還是base
  4, 激活新的conda環(huán)境
  conda activate rna-seq
  這時默認的就會轉(zhuǎn)移到rna-seq前面*
  另外你會發(fā)現(xiàn)在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq)