今天水一篇文章吧，學(xué)做一篇Nature cell biology文章里面的一張圖，文章中是用來(lái)表示通路富集了，當(dāng)然了我還是那句話(huà)，圖可以表示很多內(nèi)容，就看你自己的用意了。文章圖片如下：

image.png

這幅圖其實(shí)是疊加圖，底層是一個(gè)離散型熱圖，上層是一個(gè)氣泡圖，氣泡大小表示富集基因的多少，熱圖則表示通路的FDR。

讀入通路富集結(jié)果，并對(duì)P值分類(lèi)。

setwd("E:/生物信息學(xué)/GO多組氣泡圖")
A <- read.csv("GO多組氣泡圖.csv",header=T)
A$p <- ''
A$p[which(A$Padj <1.37e-06)]='<1.37e-06'
A$p[which(A$Padj <8.40e-15)]='<8.40e-15'
A$p[which(A$Padj <3.86e-16)]='<3.86e-16'

作圖：

library(ggplot2)
ggplot(data=A,aes(x=Group,y=Description))+
  geom_tile(aes(fill=p),
            color="black")+
  geom_point(aes(size=GeneRatio), color="orange")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        #legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle=45,hjust=1))+
  scale_fill_manual(values = c("#b8b8b8","#4b4b4b","#242424"))+
  labs(fill="FDR")

image.png

為什么我們做的圖有些框框沒(méi)有，是因?yàn)橛行┙M沒(méi)有的通路我們直接略了，所以沒(méi)有顯示結(jié)果，如果要做到和文章中一樣，可對(duì)這些地方填充。

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