《學習小組Day3筆記--哇哈哈》

花花提示了頓號,說明前面的不規(guī)范,改!


標題格式

進入正題,今天學習在Linux下安裝軟件

一.安裝流程

1.準備工作:安裝 bzip2

yum install -y bzip2   #安裝 bzip2

2.安裝號稱“app store"的軟件管理miniconda

  • 準備好miniconda 網(wǎng)址,一會放入命令里就自動鏈接安裝

去官網(wǎng)找miniconda的下載鏈接,右鍵復制

  • 登陸putty,進入目錄biosoft下
cd biosoft
wget +鏈接  #(剛才miniconda的下載鏈接,例如 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)

  • 運行鏈接(發(fā)現(xiàn)代碼背景是黑色,不好看,以后就用引用段落替代吧)

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## (發(fā)現(xiàn)代碼背景是黑色,不好看,以后就用引用段落替代吧)

接下來是閱讀安裝許可,點擊鍵盤Enter就行,大概9-11次,然后看到顯示要輸入 yes/no 的時候,輸入 yes,運行,再按enter

  • 等待安裝
  • 出現(xiàn)提示yes\no,輸入yes
  • 安裝成功,就會顯示 thank you for installing miniconda3!9(如下圖)
    安裝成功

最后關鍵一步,激活conda

source ~/.bashrc

  • 加載鏡像(一行行復制,我也不知道為何不能一起復制運行,/(ㄒoㄒ)/)

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

完美!

二.開始玩conda啦(安裝和卸載軟件)

  • 查看軟件列表

conda list

  • 搜索軟件

conda search fastqc

  • 安裝軟件

conda install fastqc -y
ps:花花說,加上-y是自動安裝。
可能就是最后安裝好了會問你yes\no,這里加 y ,是一起運行了yes的意思?

  • 卸載軟件

conda remove fastqc -y

ok

最后前面會多出一個(base),不要緊,澤哥解釋如下:

因為你安裝了conda,現(xiàn)在的conda默認就會在前面加上默認的環(huán)境名稱,也就是base
如果你切換到其他的小環(huán)境,那么base就會改變。只是conda的一個提醒功能而已
|~~~明了哈哈

前期準備工作比較多,加油

今日安裝沒有報錯,簡直太感動了,感謝花花和前面的人的摸索,提供了經驗

see you

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