還是這張圖。為了重復(fù)它。昨天發(fā)的是數(shù)據(jù)整理部分的代碼。今天是完整操作
1.Funrich 預(yù)測(cè)miRNA
軟件下載地址
輸入數(shù)據(jù)
mRNA的gene symbol，這里輸入了8個(gè)：
TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA
輸出數(shù)據(jù)
gene和miRNA的對(duì)應(yīng)關(guān)系表格。
使用方法很簡(jiǎn)單，鼠標(biāo)點(diǎn)幾下就完事。具體可以自己摸索或看視頻
2.數(shù)據(jù)整理
將Funrich 的輸出數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為cytoscape要求的格式。
昨天單獨(dú)寫啦：http://www.itdecent.cn/p/6fe95c67007d
幾行R語言代碼搞定。使用比較簡(jiǎn)單，里面用到的函數(shù)也值的學(xué)學(xué)。
3.cytoscape整理
需要經(jīng)過以下幾步：
導(dǎo)入數(shù)據(jù)->調(diào)整顏色、形狀->修改布局
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