KEGG富集分析一直報錯,粉絲拯救了我!

前面小編給大家介紹過

?KEGG富集分析—柱形圖,氣泡圖,通路圖

?【R語言】DAVID KEGG富集分析結果可視化

?【R語言】circleplot展示KEGG富集分析結果

?R繪制KEGG富集弦圖

?基因富集工具DAVID介紹(二)-KEGG富集分析

?基因富集工具DAVID介紹(三)-零代碼展示KEGG富集結果

也通過一系列視頻給大家講解過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

? DAVID進行GO/KEGG富集分析及結果可視化

最近小編在用R的clusterProfiler這個包進行KEGG富集分析的時候,遇到了下面這個錯誤

最開始以為是網絡問題,換了手機熱點,還是報同樣的錯誤。一怒之下,直接把這個包給刪了,又通過BiocManager::install("clusterProfiler")重新安裝了一遍,結果還是報同樣的錯誤。

恰巧最近也有粉絲遇到了同樣的問題,然后這位粉絲把這個問題解決了,還把解決方法也告訴我了,我親測了一下,確實有效。獨樂樂不如眾樂樂,今天把解決方法分享給大家。這里要特別感謝這位叫光光的粉絲。

1. 其實也很簡單。首先刪掉你報錯的這個clusterProfiler包。刪除的方法可以用remove.packages()這個函數,跟install.packages()是相反的操作。

也可以直接到你R的安裝路徑下面,找到library這個文件夾,然后找到clusterProfiler文件夾,全部刪掉。

2. 接下來到下面這個網址,去下載clusterProfiler的安裝包

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html。注意,windows用戶下載框出來的這個包。

3. 然后在R或這Rstudio里面從本地安裝包,選擇剛下載的那個壓縮文件,進行安裝。

R是這樣的

Rstudio是這樣的

4. 裝好之后,還是原來的配方,又是熟悉的味道

具體如何使用這個包,這里就不再展開了,下面的視頻里面講的很清楚。

? GO和KEGG富集分析視頻講解

? DAVID進行GO/KEGG富集分析及結果可視化

KEGG富集分析一直報錯,粉絲拯救了我!

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