寫在前面：在基因家族生信分析（二）這篇文章里，簡(jiǎn)單提到了一種基因結(jié)構(gòu)繪制的方法，當(dāng)時(shí)是跟著視頻課做筆記，沒(méi)有實(shí)際操作。直到今天實(shí)際操作了一下，發(fā)現(xiàn)有很多需要注意的地方，今天就詳細(xì)記錄一下。

正文在這：先放成果圖哈，這張基因結(jié)構(gòu)圖里分為進(jìn)化樹，CDD（保守功能結(jié)構(gòu)域），UTR/CDS（基本基因結(jié)構(gòu)）三大部分。

最后的效果圖！

第一步，UTR/CDS（基本基因結(jié)構(gòu)）

1）首先從擬南芥官網(wǎng)獲取GFF3文件（GFF3文件里無(wú)具體序列，是一些結(jié)構(gòu)信息）

下載完會(huì)獲得GFF3文件，如文件夾里的1

2）以WRKY家族轉(zhuǎn)錄因子為例，下載序列信息，打開plantTFDB網(wǎng)站，選擇所需物種。點(diǎn)擊WRKY家族，點(diǎn)擊Download?Sequence

plantTFDB主頁(yè)

下載完會(huì)獲得WRKY家族轉(zhuǎn)錄因子序列信息，如文件夾里的2

3）簡(jiǎn)化2里的基因名，方便后續(xù)操作

TBtools步驟

將序列名進(jìn)行簡(jiǎn)化，得到文件夾中的3

4）提取基因ID和序列（取其中30個(gè)）

TBtools步驟

得到序列名稱list，如文件夾里的4

保證下面方框中輸入的基因名稱和文件3中基因名稱一致、

5）展示基本基因結(jié)構(gòu)

TBtools步驟

按步驟輸入，start，得到下圖

UTR/CDS（基本基因結(jié)構(gòu)）

第二步，UTR/CDS（基本基因結(jié)構(gòu)）+CDD（保守結(jié)構(gòu)域）

1）打開NCBI的CD?search：一鍵直達(dá)，然后找到Batch?CD-search，進(jìn)行批量分析。

分析完成后，Download得到文件夾里的6

2）打開hitdata.txt（這里要用excel打開）。

其中Query列信息需要分列處理一下

3）將Query列信息分列，是為了獲取對(duì)應(yīng)的基因ID。

分列步驟圖

4）將From，To，Short?Name?列信息同樣復(fù)制到Sheet2，得到我們所需的信息。（ps. 這里保存的話，就沒(méi)有sheet2了，而是直接變成了hitdata.txt，但是信息仍然是處理過(guò)的，影響不大）

sheet2里有我們需要的所有信息

5）展示基因結(jié)構(gòu)

還是這個(gè)步驟

右邊的參數(shù)框錯(cuò)了，應(yīng)該是選下面兩個(gè)哦。輸入的信息略有變化，得到下圖

UTR/CDS（基本基因結(jié)構(gòu)）+CDD（保守結(jié)構(gòu)域）

第三步，UTR/CDS（基本基因結(jié)構(gòu)）+CDD（保守結(jié)構(gòu)域）+進(jìn)化樹

1）這里就是用mega做一個(gè)進(jìn)化樹，然后保存為netwick格式（文件8），這個(gè)就不講了，不會(huì)的可以關(guān)注公眾號(hào)私信我，給你發(fā)教程哈。

TBtools步驟

，左圖是進(jìn)化樹，右圖是結(jié)果圖

需要注意的是，當(dāng)你把.nwk文件導(dǎo)入并作圖，出來(lái)的基因順序是根據(jù)進(jìn)化樹順序排列的，但是是倒序，如上圖中紅框部分本來(lái)在最上面，生成圖片之后就跑到了最下面。

進(jìn)化樹生成pdf（文件9）

基因結(jié)構(gòu)圖同樣導(dǎo)出成pdf，將這兩個(gè)圖片用AI編輯，把你的進(jìn)化樹水平翻轉(zhuǎn)一下，然后調(diào)好間距、顏色、blabla，然后保存，就可以得到一開始的效果圖啦！

不過(guò)時(shí)至今日，基因結(jié)構(gòu)繪制功能已經(jīng)有了加強(qiáng)版，看著就很厲害，可惜我還不會(huì)用，害，慢慢學(xué)習(xí)，加油！有哪個(gè)小伙伴會(huì)的話也可以教教我呀哈哈哈。

推薦版本

為了方便大家練習(xí)，我把做這張圖用到的文件都打包在一個(gè)文件夾了，微信搜索“今天吃了橙子”，回復(fù)”結(jié)構(gòu)圖“即可快速獲取哦~

今日份奧利給：一個(gè)人要像一支隊(duì)伍，對(duì)著自己的頭腦和心靈招兵買馬，不氣餒，有召喚，愛(ài)自由（，早日SCN）。