2019-09-25 DAY-3 linux 下的軟件安裝 孤傲的小籠包

conda--“l(fā)inux的應用商店”

1. 檢查有沒有bzip2（一個壓縮軟件）

直接輸入bzip2，如果有會顯示

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否則會報錯。

輸入yum install -y bzip2可以安裝

2. 下載miniconda（官網(wǎng)可直接下載）

使用weget命令+下載鏈接

3. 安裝：bash命令 + Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

4. 最后激活：輸入source ~/.bashrc命令

使用conda安裝軟件

1. 查看當前所有軟件列表 conda list

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2. 搜索軟件 conda search fastqc 【這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例】

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3. 安裝軟件 conda install fastqc -y 【加上-y是自動安裝】

如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

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4. 卸載軟件 conda remove fastqc -y

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conda 環(huán)境

  1. 查看當前環(huán)境conda info --envs

    image.png

  2. 比如建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，并安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）
    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

  3. 再次查看當前環(huán)境：
    image.png

  4. 切換到新環(huán)境conda activate rna-seq
    退出當前環(huán)境conda deactivate

5.卸載環(huán)境中的某個軟件conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸載環(huán)境conda remove -n rna-seq --all(需要先退出當前環(huán)境再刪除)

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