一、箱線圖

箱線圖（boxplot）又稱為盒須圖，是一種描述連續(xù)型變量分布的統(tǒng)計圖，因形狀如箱子而得名。箱線圖提供了一種使用5個點對數(shù)據(jù)集做簡單總結的方式。這5個點包括最小值（minimum）、下四分位數(shù)（第25百分位數(shù)，Q1）、中位數(shù)（第50百分位數(shù)，Q2）、上四分位數(shù)（第75百分位數(shù)，Q3）以及最大值（maximum）。

IQR表示四分位距（interquartile range），即上四分位數(shù)與下四分位數(shù)的差值（Q3 - Q1）。默認情況下，兩條須的延伸極限不會超過矩形盒兩端加1.5倍四分位距的范圍。此范圍以外的值即離群點（outliers）。從矩形盒兩端邊向外各畫一條線段直到不是異常值的最遠點，表示該批數(shù)據(jù)正常值的分布區(qū)間。內(nèi)限即異常值截斷點為Q3 + 1.5 IQR和Q1 - 1.5 IQR，外限為Q3 + 3 IQR和Q1 – 3 IQR。處在內(nèi)限以外位置的點表示的數(shù)據(jù)都是異常值，其中在內(nèi)限與外限之間的異常值為溫和異常值（mild outliers），在外限以外的為極端異常值（extreme outliers）。

圖片來源于網(wǎng)絡

小提琴圖是箱線圖的變種，可以當作箱線圖與核密度圖的結合。與箱線圖相比，小提琴圖還可以反映數(shù)值的密度分布范圍。

?二、R Script

（1）基因表達量原始矩陣

（2）數(shù)據(jù)整合，按基因求均值

（3）把寬數(shù)據(jù)變成長數(shù)據(jù)

（4）修改分組名稱

（5）畫箱線圖

（6）分面

（7）小提琴圖

（8）帶散點和凹槽的箱線圖

太丑了不忍直視

（9）內(nèi)置箱線圖的小提琴圖

（10）添加顯著性標記的箱線圖

相當麻煩, 還是用Illustrator吧

三、條形圖和折線圖

（1）誤差線數(shù)據(jù)

這里使用的是Rmisc包的summarySE函數(shù)。用法為： summarySE(data = NULL, measurevar, groupvars = NULL, na.rm = FALSE, conf.interval = 0.95, .drop = TRUE)?。measurevar是含有測量值數(shù)據(jù)的一列的列名。groupvars是分組變量的列的列名。summarySE處理的為長格式數(shù)據(jù)，可以獲得一個包含計數(shù)（count，N）、平均值（mean，measurevar）、標準差（standard deviation，sd）、平均值的標準誤差（standard error of the mean，se）和置信區(qū)間(默認為95%)（confidence interval，mean±ci）的數(shù)據(jù)框。

?（2）條形圖

（3）折線圖