BAM 文件是一種存儲(chǔ)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)結(jié)果的二進(jìn)制格式。

統(tǒng)計(jì) Reads 數(shù)量

要獲得 BAM 文件中的 reads（reads 通常指單個(gè)測(cè)序反應(yīng)生成的序列，而 pair-end reads 會(huì)以兩個(gè) reads 的形式出現(xiàn)）總數(shù)，您可以使用samtools view命令：

samtools view input.bam | wc -l

這個(gè)命令會(huì)輸出 BAM 文件中非頭部行的總數(shù)，每個(gè) read 占一行，因此這個(gè)數(shù)字就是 reads 的數(shù)量。如果是 pair-end 數(shù)據(jù)，這個(gè)數(shù)字將是 reads 的兩倍。

統(tǒng)計(jì)堿基數(shù)量

要統(tǒng)計(jì) BAM 文件中的總堿基數(shù)量，您可以使用samtools和seqtk：

samtools view -c input.bam && samtools view input.bam | seqtk seq -A | wc -l

第一條命令samtools view -c input.bam統(tǒng)計(jì) BAM 文件中的 reads 數(shù)量。第二條命令提取所有 reads 的序列，并用wc -l統(tǒng)計(jì)堿基對(duì)數(shù)量，這里假設(shè) FASTA 格式每行包含一個(gè)堿基對(duì)。