導(dǎo)讀：當熱圖褪去方正的色塊，化為一片星羅棋布的圓形矩陣，數(shù)據(jù)的呈現(xiàn)便瞬間輕盈而靈動。
《Phytomedicine》文章Cannabidiol improves cognitive impairment after traumatic brain injury by attenuating neuronal oxidative stress and apoptosis via the SET/PP2A/Akt signaling axis. Fig 2A的圓點熱圖展示了三組間差異基因的表達情況，紅色表示表達相對較高，藍色表示表達相對較低。此圖不是以常規(guī)的小矩形展示熱圖，而是使用圓點來展示，星羅棋布，令人耳目一新。
1，打開作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_special_shape_heatmap_289
2，示例數(shù)據(jù)
點擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開。
示例數(shù)據(jù)是矩陣形式。
第1行是組名
第2行是樣品名，不能有重復(fù)
第3+行是每個基因在每個樣品中的表達值，基因名不能有重復(fù)，同時不能有空的單元格
3，輸入檢查
示例數(shù)據(jù)：點擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)。
真實數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V將數(shù)據(jù)粘貼到輸入框中。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進行檢查。若檢查不通過，請根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示），然后可以繼續(xù)選擇其他參數(shù)。
注：輸入檢查是新添加的功能，它會根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)，并給出提示，以確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。?
4，選擇參數(shù)
圖片大小
包括圖片寬度和圖片高度。由于每個小圓點的長寬是固定的，因此若圖片設(shè)置太小則會被截斷，不會按比例縮放至指定大小
colorbar顏色和名字
提供了低、中、高三種顏色的漸變
colorbar名字：如果選擇zscore轉(zhuǎn)換，則默認是zscore；如果不選擇zscore，則按照頁面上填寫的名字
分組顏色
熱圖頂部分組的色塊顏色，按照分組在數(shù)據(jù)中出現(xiàn)的順序，默認最多繪制6組
文字/字體大小
設(shè)置了組名字體大小，旋轉(zhuǎn)角度，基因名字體大小，圓點上標注數(shù)值的字體大?。J兩位小數(shù)）
角度和大小
設(shè)置了內(nèi)部形狀的相對大小，數(shù)值越大，則圓點半徑越大
形狀旋轉(zhuǎn)角度：針對三角形，菱形等，可以對形狀進行旋轉(zhuǎn)，例如針對三角形時，通過調(diào)整旋轉(zhuǎn)角度，可以讓頂點朝上，或者朝下
數(shù)據(jù)zscore轉(zhuǎn)換
默認對數(shù)據(jù)進行zscore轉(zhuǎn)換；選擇原始值時，不進行轉(zhuǎn)換
形狀
設(shè)置了三角形，菱形，正方形，五邊形，六邊形，圓形，橢圓等供選擇
行聚類、列聚類
設(shè)置了是否進行行或者列的聚類
分隔（split）
設(shè)置了按照組進行列分隔；設(shè)置了按照指定的個數(shù)進行行分隔，也就是根據(jù)聚類情況，使用灰色的線分別框起來
標注數(shù)值
是否在圓點上標注數(shù)值。若選擇了zscore轉(zhuǎn)換，則標注的是zscore的值；若選擇的是原始值，那么標注的就是原始值
字體
設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial。如需使用其他字體，可以下載pdf或者svg圖片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape進行編輯修改
5，提交出圖
檢查通過，并且參數(shù)選好后，點擊“提交”按鈕，約3s后，會在頁面上顯示圓點熱圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖，png、tiff兩種標量圖供大家下載使用。
請使用Acrobat Illustrator等軟件編輯矢量圖（pdf或svg），進行組圖，調(diào)整文字、圖像元素位置，字體，添加說明等操作，以滿足個性化需求。
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