iTOL基本用法已經(jīng)會(huì)了，之前記錄過(guò)一點(diǎn)：系統(tǒng)發(fā)育（進(jìn)化）樹繪制小結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/20af7e003d19]。最近重用，調(diào)圖時(shí)又發(fā)現(xiàn)了...
IP屬地：陜西
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iTOL進(jìn)化樹調(diào)圖細(xì)節(jié)記錄 -
全基因組重測(cè)序基礎(chǔ)及高級(jí)分析知識(shí)匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測(cè)序是通過(guò)對(duì)已有參考序列（...
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Relate 估計(jì)位點(diǎn)的起源時(shí)間1、轉(zhuǎn)換文件格式 從 VCF 文件轉(zhuǎn)換為 relate 軟件可以讀取的 hap 格式： PATH_TO_RELATE/bin/RelateFileFormats \ ...
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CLUES 推斷位點(diǎn)的受選擇時(shí)間
CLUES（Conditional Likelihood Under Evolutionary Scenarios）是一個(gè)用于推斷單個(gè)位點(diǎn)在群體中選擇軌跡（selection...
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ASMC計(jì)算位點(diǎn)溯祖時(shí)間ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的算法，相關(guān)文章發(fā)表在2...
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技術(shù)介紹 | 詳解 ATAC-SeqATAC-seq，全稱 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，...
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位點(diǎn)頻譜(SFS)計(jì)算1. 什么是位點(diǎn)頻譜(site frequency spectrum)? 位點(diǎn)頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spectrum)是群體遺傳學(xué)的術(shù)語(yǔ)，用...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（二）：Survey數(shù)據(jù)質(zhì)控、NT比對(duì)寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1. Survey分析的目的 ...
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跟著Nature Genetics學(xué)數(shù)據(jù)分析~SNP數(shù)據(jù)計(jì)算距離矩陣然后構(gòu)建NJ樹最近在看論文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
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根據(jù)VCF構(gòu)建進(jìn)化樹VCF2Dis[https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis]，是一款計(jì)算根據(jù)vcf文件計(jì)算距離矩陣的小工具 1 安裝 下載后 2 示例文件...
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性染色體的鑒定（GATK4）寫在前面 性別被稱為“進(jìn)化生物學(xué)問(wèn)題的皇后”，一直是生命科學(xué)領(lǐng)域中最具吸引力和最熱門研究方向之一。而有性生物其性染色體的解析是性別研究的基礎(chǔ)，這篇文章主要介紹一套鑒定性染色體...
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生信分析15：基于雜合度和核苷酸多樣性鑒定雜合選擇清除區(qū)域Fig 1 這篇文章的一個(gè)核心分析是鑒定雜合選擇清除區(qū)域heterozygous selective sweep regions (HSSR, Fig 1)，拿到群體間的HS...
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每日paper - 20211128 - migrate-nComparison of Bayesian and maximum-likelihood inference of population genetic parameter...
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應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說(shuō)明如何使用MUMmer比對(duì)大片段序列 測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長(zhǎng)度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過(guò)逐個(gè)基因聯(lián)配的方...
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使用SNPhylo構(gòu)建群體系統(tǒng)發(fā)生樹
SNPhylo是一個(gè)基于SNP數(shù)據(jù)構(gòu)建群體系統(tǒng)發(fā)生樹的流程工具，它能接受VCF,HapMap和簡(jiǎn)單SNP數(shù)據(jù)格式作為輸入，經(jīng)過(guò)一系列的過(guò)濾（低質(zhì)量數(shù)據(jù)、連鎖不平衡）得到用于構(gòu)...
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物種分化時(shí)間估計(jì)工具beast2目前最新版是beast2.7.6本文主要參考資料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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用snpEff產(chǎn)出的vcf提取4DTv位點(diǎn)，構(gòu)建進(jìn)化樹
用snpeff產(chǎn)出的vcf提取4DTv位點(diǎn)，用于構(gòu)建進(jìn)化樹 轉(zhuǎn)載自https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/1055...
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mcmctree進(jìn)行分化時(shí)間的估算以下內(nèi)容參考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html、前研究組師妹的總結(jié)資料和MCMCTree tutorial...
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頭腦風(fēng)暴：ROH可視化之后為制定配對(duì)方案應(yīng)展開的進(jìn)一步分析流程
在新一輪ROH分析之后，發(fā)現(xiàn)親代對(duì)子代ROH片段的形成主要通過(guò)三種方式。 1.非親ROH的增長(zhǎng) 這其實(shí)相當(dāng)于親代基因組的隨機(jī)排列組合，導(dǎo)致子代在親代沒有ROH的區(qū)域，出現(xiàn)新的...