引言 最近兩款基于機器學(xué)習(xí)的基因預(yù)測軟件ANNEVO和Helixer很火,實測下來確實比Agustus的表現(xiàn)好的不止一點。Helixer雖然可以...
前言 在遺傳學(xué)中,二倍體常被視為“標準模型”,也是當前大多數(shù)基因組組裝方法的默認假設(shè)。然而在自然界,尤其是植物中,多倍體并不罕見。事實上,許多重...
前言 在完成Contig 水平的二倍體基因組組裝后,接下來就是基于 Hi-C 數(shù)據(jù)進行染色體掛載,將基因組進一步提升至染色體水平。 這一步通常是...
前言 在早期基因組學(xué)研究中,人們往往將目光集中在編碼蛋白的基因上,并將其視為遺傳信息的核心載體。然而,隨著高通量測序和轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展,一個逐漸...
引言 多個基因組之間的共線性分析和可視化是基因組學(xué)重要的分析,目前能夠完成上述工作的是Syri+Plotsr,但其實還有另外一個軟件“Genom...
引言 上一篇文章 《基因組組裝入門到進階:基因組組裝原理和測序策略》,主要介紹了基因組測序與組裝之前需要完成的基礎(chǔ)準備工作,包括組裝的基本原理以...
基因組組裝專題 隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展,越來越多的物種的基因組成功完成了組裝,其中不乏一些完整的,高質(zhì)量的染色體水平的基因組。近些年甚至出現(xiàn)了每...
最近在做碩士畢業(yè)課題的收尾工作,正好做到了物種分歧時間的部分,雖然之前也做過,但是還是復(fù)習(xí)一遍。 1.安裝Paml 2.配置帶有時間校準點的系統(tǒng)...
今天在研究一篇關(guān)于硬葉蘭(Cymbidium mannii)的基因組學(xué)的文章的時候偶然發(fā)現(xiàn)了一個很好的分組轉(zhuǎn)錄組表達水平的R包Mfuzz,所以來...