您好老師，請問您使用GPU對Beast加速分析的時候效果好嗎
物種分化時間估計工具beast2目前最新版是beast2.7.6本文主要參考資料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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深度學習驅(qū)動的基因 de novo 注釋：ANNEVO / Helixer 本地部署與應(yīng)用
引言 最近兩款基于機器學習的基因預(yù)測軟件ANNEVO和Helixer很火，實測下來確實比Agustus的表現(xiàn)好的不止一點。Helixer雖然可以通過網(wǎng)站提交，但是需要排隊，還...
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基因組組裝入門到進階：復(fù)雜多倍體基因組組裝
前言 在遺傳學中，二倍體常被視為“標準模型”，也是當前大多數(shù)基因組組裝方法的默認假設(shè)。然而在自然界，尤其是植物中，多倍體并不罕見。事實上，許多重要作物——如小麥、棉花、油菜、...
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基因組組裝入門到進階：傳統(tǒng)二倍體基因組的染色體掛載
前言 在完成Contig 水平的二倍體基因組組裝后，接下來就是基于 Hi-C 數(shù)據(jù)進行染色體掛載，將基因組進一步提升至染色體水平。 這一步通常是二倍體基因組組裝中的最后一步，...
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非編碼 RNA 注釋實戰(zhàn)指南：從安裝到數(shù)據(jù)庫，完整流程解析
前言 在早期基因組學研究中，人們往往將目光集中在編碼蛋白的基因上，并將其視為遺傳信息的核心載體。然而，隨著高通量測序和轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展，一個逐漸清晰的事實浮出水面：絕大多數(shù)基...
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GenomeSyn：迄今為止最全面的基因組共線性分析和可視化軟件引言 多個基因組之間的共線性分析和可視化是基因組學重要的分析，目前能夠完成上述工作的是Syri＋Plotsr，但其實還有另外一個軟件“GenomeSyn” 也能完成這個分析。...
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基因組組裝入門到進階：基于二代數(shù)據(jù)的Survey分析
引言 上一篇文章 《基因組組裝入門到進階：基因組組裝原理和測序策略》，主要介紹了基因組測序與組裝之前需要完成的基礎(chǔ)準備工作，包括組裝的基本原理以及不同測序技術(shù)的適用場景。然而...
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一篇文章講清楚基因組組裝基因組組裝專題 隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展，越來越多的物種的基因組成功完成了組裝，其中不乏一些完整的，高質(zhì)量的染色體水平的基因組。近些年甚至出現(xiàn)了每條染色體的兩端都組裝出端粒的T...
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使用Paml中的Mcmctree估算物種的分歧時間
最近在做碩士畢業(yè)課題的收尾工作，正好做到了物種分歧時間的部分，雖然之前也做過，但是還是復(fù)習一遍。 1.安裝Paml 2.配置帶有時間校準點的系統(tǒng)發(fā)育樹首先說明Mcmctree...
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分組轉(zhuǎn)錄組表達水平分析包Mfuzz的使用今天在研究一篇關(guān)于硬葉蘭（Cymbidium mannii）的基因組學的文章的時候偶然發(fā)現(xiàn)了一個很好的分組轉(zhuǎn)錄組表達水平的R包Mfuzz，所以來記錄一下基于示例數(shù)據(jù)的代碼運行...
