您好老師,請問您使用GPU對Beast加速分析的時候效果好嗎
物種分化時間估計工具beast2目前最新版是beast2.7.6本文主要參考資料如下:https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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引言 最近兩款基于機器學習的基因預(yù)測軟件ANNEVO和Helixer很火,實測下來確實比Agustus的表現(xiàn)好的不止一點。Helixer雖然可以通過網(wǎng)站提交,但是需要排隊,還...
前言 在遺傳學中,二倍體常被視為“標準模型”,也是當前大多數(shù)基因組組裝方法的默認假設(shè)。然而在自然界,尤其是植物中,多倍體并不罕見。事實上,許多重要作物——如小麥、棉花、油菜、...
前言 在完成Contig 水平的二倍體基因組組裝后,接下來就是基于 Hi-C 數(shù)據(jù)進行染色體掛載,將基因組進一步提升至染色體水平。 這一步通常是二倍體基因組組裝中的最后一步,...
前言 在早期基因組學研究中,人們往往將目光集中在編碼蛋白的基因上,并將其視為遺傳信息的核心載體。然而,隨著高通量測序和轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展,一個逐漸清晰的事實浮出水面:絕大多數(shù)基...
引言 多個基因組之間的共線性分析和可視化是基因組學重要的分析,目前能夠完成上述工作的是Syri+Plotsr,但其實還有另外一個軟件“GenomeSyn” 也能完成這個分析。...
引言 上一篇文章 《基因組組裝入門到進階:基因組組裝原理和測序策略》,主要介紹了基因組測序與組裝之前需要完成的基礎(chǔ)準備工作,包括組裝的基本原理以及不同測序技術(shù)的適用場景。然而...
基因組組裝專題 隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展,越來越多的物種的基因組成功完成了組裝,其中不乏一些完整的,高質(zhì)量的染色體水平的基因組。近些年甚至出現(xiàn)了每條染色體的兩端都組裝出端粒的T...
最近在做碩士畢業(yè)課題的收尾工作,正好做到了物種分歧時間的部分,雖然之前也做過,但是還是復(fù)習一遍。 1.安裝Paml 2.配置帶有時間校準點的系統(tǒng)發(fā)育樹首先說明Mcmctree...
今天在研究一篇關(guān)于硬葉蘭(Cymbidium mannii)的基因組學的文章的時候偶然發(fā)現(xiàn)了一個很好的分組轉(zhuǎn)錄組表達水平的R包Mfuzz,所以來記錄一下基于示例數(shù)據(jù)的代碼運行...