很久沒有做擬時了，之前在官網(wǎng)上看到這樣一個消息，我想還是需要解讀和演示下monocle3。更多精彩內(nèi)容請至我的公眾號---KS科研分享與服務(wù)http://cole-trapn...
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Monocle3單細胞擬時分析 -
【單細胞軌跡分析】monocle3前面一篇文章介紹了monocle2，今天介紹一下monocle3。其實，Monocle3和Monocle2并沒有本質(zhì)上的區(qū)別，只是把降維圖從DDRTree改成了UMAP。原因...
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ggplot2參數(shù)簡介
ggplot2 是一個 R 語言的繪圖工具包，它使用基于圖層的構(gòu)建方式使得代碼更加可讀、靈活。下面是 ggplot2 常用參數(shù)的詳細解釋： 1. data：需要繪圖的數(shù)據(jù)集，...
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R 技巧 || 從顏色面板選取顏色取色板中的顏色 以下內(nèi)容來自：https://www.datanovia.com/en/blog/top-r-color-palettes-to-know-for-great...
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單細胞marker基因展示值等高線密度圖之前一個圖的做法，是一篇《cell reports》上的文章，展示marker基因的表達的時候，添加上了等高線密度圖，（參考：單細胞marker基因可視化的補充---密度圖與...
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畫熱圖只標注感興趣的基因名稱
做組學分析的時候，想用熱圖展示差異基因的情況。很多時候尤其轉(zhuǎn)錄組，可能得到上千個差異基因，這時候畫熱圖不可能將所有基因的名稱顯示，一方面太啰嗦，一方面放不下。那么這種既想展示...
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單組火山圖和多組火山圖展示差異表達基因（DEGs） 2023-10-12前言 在各種RNA測序數(shù)據(jù)中，我們幾乎都避不開差異表達基因（DEGs）的分析。我們可以用氣泡圖，提琴圖和熱圖等展示不同細胞亞群或樣本的差異基因表達情況，而火山圖則是最直觀的表...
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R可視化——圖片顏色提取及應(yīng)用（以jpg格式圖片為例）設(shè)置工作目錄、加載R包 加載圖片并提取顏色 1、圖片加載及預(yù)覽——jpg格式圖片加載主要基于imager包中的load.image()函數(shù)： 2、提取圖片顏色——主要基于RI...
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AUCell | 識別單細胞對“基因集”的響應(yīng)AUCell可以識別sc-RNA數(shù)據(jù)中具有活躍基因集或基因模塊的細胞,即可以將某個通路的富集情況展現(xiàn)在聚類的細胞上，從而可以鑒定具有特定基因特征的細胞群。AUCell使用“A...
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單細胞基因集打分實操之irGSEA
Immugent在推文一文帶你了解單細胞數(shù)據(jù)基因集打分的所有算法[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&mid=...
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UCell:單細胞評分分析R包及可視化應(yīng)用****單細胞評分我們之前說過AUCell和seurat自帶的打分函數(shù)：跟著Cell學單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細胞基因評分|AUCell評分[http://mp.weix...
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復(fù)現(xiàn)詳解：純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度一 .從GEO數(shù)據(jù)庫中下載表達矩陣文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt，把GSE1129...
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5.6分非腫瘤生信，單細胞+機器學習對特定基因集分析，并對關(guān)鍵基因進行實驗驗證。非腫瘤想快速發(fā)文章就這么做！影響因子：5.6 期刊： International Immunopharmacology 研究概述：腦出血后，腦實質(zhì)中充滿凝血酶、紅細胞成分以及膠質(zhì)細胞和浸潤的外周免疫細胞...
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單細胞分析中機器學習的使用
可選模型： 機器學習模型 隨機森林（Random Forest） - 一個經(jīng)典的集成學習模型，適用于處理高維數(shù)據(jù)，能夠處理單細胞表達數(shù)據(jù)的復(fù)雜性。 支持向量機（Support...
