前言： AlphaFold2在CASP14蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測關(guān)鍵評估大賽中奪得第一名的好成績，其預(yù)測的大部分結(jié)構(gòu)達(dá)到了空前的準(zhǔn)確度，與實驗方法（X-ray、冷凍電鏡、核磁...
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超詳細(xì)教程！如何下載、安裝和運(yùn)行AlphaFold2 -
安裝基因組注釋流程braker2github鏈接 https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER[https://github.com/Gaius-Augustus/BRA...
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植物轉(zhuǎn)錄因子研究策略及方法植物轉(zhuǎn)錄因子研究 轉(zhuǎn)錄因子（TF）是一類具有特殊結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，也稱為反式作用因子。通過與靶基因啟動子區(qū)域的順式作用元件特異性結(jié)合，行使調(diào)控基因表達(dá)的功能。典型的轉(zhuǎn)錄因子...
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Slurm作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)運(yùn)行一、Slurm常規(guī)運(yùn)行操作在HPC上運(yùn)行任務(wù)的主要方法是通過sbatch命令提交一個腳本。例如： sabtch MyJobScript.sh在MyJobScript.sh中的...
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關(guān)鍵基因和hub基因（生物網(wǎng)絡(luò)角度）寫在前面 這篇文章仍然來自幾篇文章及自己平時的積累，主要闡述關(guān)鍵基因和hub基因。很多人誤以為hub基因就是關(guān)鍵基因，甚至有人認(rèn)為差異表達(dá)基因就是關(guān)鍵基因。在正式看本文章之前...
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Native PAGE及切膠回收純化實驗方法一、Native-PAGE原理 非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(Native-PAGE)是在不加入SDS 疏基乙醇等變性劑的條件下， 對保持活性的蛋白質(zhì)進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳，常用...
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公號：Python大數(shù)據(jù)分析，關(guān)注送10G資料
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iPad適合用來寫Python嗎？B站上有很多博主拍過iPad作為生產(chǎn)力的視頻，比如用iPad畫漫畫、記筆記、剪視頻、輕辦公等等，那么iPad可以用來寫代碼、跑Python嗎？ 這也是一些初學(xué)Python的小...
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hdWGCNA：單細(xì)胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
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干貨錦囊|質(zhì)譜流式抗體選擇小妙招質(zhì)譜流式細(xì)胞術(shù)通常被認(rèn)為是基于熒光流式細(xì)胞術(shù)的改良技術(shù)，其用不同重金屬穩(wěn)定同位素（圖1）代替熒光基團(tuán)來標(biāo)記不同抗體。然后將單個細(xì)胞霧化電離，僅保留與相應(yīng)抗體一一對應(yīng)的金屬離子...
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MEGA 新版 MEGAX 蛋白質(zhì)序列進(jìn)化樹構(gòu)建軟件下載：https://www.megasoftware.net/ 1、數(shù)據(jù)輸入 2、進(jìn)化樹構(gòu)建 這就畫出來了 調(diào)整成圓形 有點(diǎn)多哈 此外這次分析的蛋白質(zhì)序列，大概這個樣子
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【文獻(xiàn)報告】-Molecular diversity and evolution of neuron types in the amniote brain主要探討了脊椎動物大腦中神經(jīng)元類型的分子多樣性和進(jìn)化。本文使用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)，對澳大利亞蜥蜴Pogona vitticeps（又稱澳大利亞龍）和小鼠的大腦進(jìn)行了單細(xì)胞RN...
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單細(xì)胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過幾篇關(guān)于WGCNA的帖子，其實WGCNA本身就是對基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá)，合理分組的結(jié)果。 如果對于一個表達(dá)量矩陣，本身就至于2個分組，WT和處理，那么簡單的差...
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deeptools工具系列——比較不同bw_bam的信號差異目錄 前言 bamCompare 工具1.1 工具原理1.2 使用說明1.3 使用實例 bigwigCompare 工具2.1 使用說明2.2 使用實例 前言 今天主要介紹下...
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通過空間行為（optimal transport）推斷空間細(xì)胞間通訊信號方向(COMMOT)作者，Evil Genius 周四了，變懶了，重申一遍，不要抄襲。 分享文章Screening cell-cell communication in spatial tra...
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單細(xì)胞個性化分析之轉(zhuǎn)錄因子篇轉(zhuǎn)錄因子(Transcription Factors，TFs)，是指能夠以特定序列與基因?qū)Ｒ恍越Y(jié)合，從而保證目的基因以特定的強(qiáng)度在特定的時間與空間表達(dá)的蛋白質(zhì)分子。轉(zhuǎn)錄因子通...
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空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)分析之關(guān)于細(xì)胞空間鄰近的分析文章總結(jié)作者，Evil Genius 年也過完了，該收心好好上班了，這一篇我們來總結(jié)一下空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞空間臨近的一些文章用法及意義，之前說了很多了，但是沒有系統(tǒng)的總結(jié)，我們專門拿出這...
