Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物組分析中最常用的軟件，與其他同功能的軟件相比，在速度快的前提下，準(zhǔn)確性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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Kraken的原理淺析 -
Seurat: FindNeighbors() & FindClusters()
https://juejin.cn/post/7171032224890880007[https://juejin.cn/post/7171032224890880007]h...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類型注釋
前面已經(jīng)講解了：?jiǎn)渭?xì)胞分析實(shí)錄(1): 認(rèn)識(shí)Cell Hashing[http://www.itdecent.cn/p/02b70bda5d0a]單細(xì)胞分析實(shí)錄(2): 使...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程： Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
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CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來在簡(jiǎn)書寫了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
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空間轉(zhuǎn)錄組的幾個(gè)分析要點(diǎn)及經(jīng)典文獻(xiàn)分享作者，Evil Genius~~ 空間轉(zhuǎn)錄組的運(yùn)用方向：轉(zhuǎn)錄、蛋白 ST最適合回答三種生物問題：首先可以闡明組織的細(xì)胞類型組成；第二類問題與細(xì)胞相互作用有關(guān)；最后可以幫助闡明...
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三種空間組學(xué)數(shù)據(jù)類型的讀取你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂？你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入？你是否希望學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手？今天，我們就和大家一起來學(xué)習(xí)多種類型...
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表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)（eQTL）的概念及其相關(guān)分析
表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)（expression quantitative trait locus, eQTL）是一類能夠影響基因表達(dá)量的遺傳位點(diǎn)（大部分都是單核苷酸多態(tài)性，SNP），...
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transvar變異坐標(biāo)轉(zhuǎn)換 - Linux篇坐標(biāo)轉(zhuǎn)換困境 一些公開發(fā)表的論文中及很多數(shù)據(jù)庫中經(jīng)常提到變異，一般變異的表現(xiàn)形式有三種：1）基因組坐標(biāo)：2）cDNA 坐標(biāo)；3）蛋白氨基酸坐標(biāo)。舉個(gè)例子TP53上的某個(gè)變異的...
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當(dāng)紅辣子雞-空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的整合分析（上篇）
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展史 如果說最近什么最紅火，那一定是奧運(yùn)會(huì)，今年的奧運(yùn)會(huì)從開始到現(xiàn)在就一直吸引著國(guó)人的注意，奧運(yùn)會(huì)的精彩讓我差點(diǎn)...
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【小工具】按比例截取fastq數(shù)據(jù)量
生信需求： 你有fastq文件，想按照5%，10%，20%，40%，60%，80%，截取fastq的數(shù)據(jù)量，或按照固定一個(gè)自定義比例截取數(shù)據(jù)量。 特點(diǎn)與功能： 1，隨機(jī)截取，...
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時(shí)序RNA-Seq差異表達(dá)分析軟件比較提到RNA-Seq差異表達(dá)分析，人們首先想到的是兩個(gè)實(shí)驗(yàn)條件下的差異表達(dá)，比如說癌組織與癌旁等。但有時(shí)候研究人員想要探究某種實(shí)驗(yàn)處理方法在不同時(shí)間下對(duì)目標(biāo)產(chǎn)生的影響，就會(huì)出現(xiàn)...
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運(yùn)行Rmarkdown的一個(gè)報(bào)錯(cuò)，關(guān)于pandoc
使用Rmarkdown生成html文件非常實(shí)用，但是如果在Rstudio進(jìn)行的話會(huì)有一段時(shí)間不能操作界面。今天我嘗試在linux系統(tǒng)用R命令行進(jìn)行這個(gè)步驟，使用如下命令： 但...
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NCBI官方基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換工具(二)不同版本基因組坐標(biāo)的轉(zhuǎn)換，常用的方法有： 1. NCBI的 Remap 參見上一篇文章 ： http://www.itdecent.cn/p/41e5280f59c3 2....
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三代變異檢測(cè)操作說明-DeepVariant
作者：Charon審稿：童蒙編輯：amethyst 眾所周知，三代測(cè)序的單堿基測(cè)序錯(cuò)誤率遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測(cè)序，PB的單堿基錯(cuò)誤率有10-15%，而ONT也有5-20%[1]，那么...
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Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安裝、配置和使用
軟件說明 Ensembl VEP是一款突變注釋文件，但是相關(guān)的配置比較困難。這次我們使用conda進(jìn)行安裝，可以跳過繁瑣的環(huán)境配置過程。http://asia.ensembl...
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converting a hg19 refGene.txt to GTF
ref:Genes in gtf or gff format - genomewiki 1. Download your gene set of interest for h...
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python-docx改變表格字體大小
最近在嘗試用python來自動(dòng)從csv文件獲取數(shù)據(jù)并生成word報(bào)告。遇到的一個(gè)問題是表格字體太大，想要縮小。爬網(wǎng)半天，找到的中文資料要么沒怎么提及，要么說中文沒法設(shè)置字體大...