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SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析1. 簡介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一個(gè)...
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10x HD圖片配準(zhǔn)目前經(jīng)手的10x HD數(shù)據(jù)，基本上都要進(jìn)行圖像配準(zhǔn)。建議先人工對(duì)齊，然后再進(jìn)行spaceranger分析，以免分析完成后發(fā)現(xiàn)對(duì)不起齊，還要在調(diào)整...
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空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個(gè)樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補(bǔ)充一點(diǎn)更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)，有個(gè)函數(shù)來生成整體的hvg Y...
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多組cellchat數(shù)據(jù)分析
1. 合并多組數(shù)據(jù) 2.繪制兩組circle圖 3.繪制兩組bubble圖 更多詳情，可查看官方說明Comparison_analysis_of...
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scDRSMAGMA安裝 下載linux版本，在服務(wù)器解壓即可使用。 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 gene location數(shù)據(jù)image.png reference da...
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使用GWAS分析與疾病相關(guān)的細(xì)胞類型
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143[https://zhuanlan.zhihu.com/p...
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DecontX - 去除單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中環(huán)境RNA污染
DecontX是一種通過去除RNA測序數(shù)據(jù)中非細(xì)胞信號(hào)的工具，它適用于單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)和高通量RNA測序數(shù)據(jù)。https://github....
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TCGA數(shù)據(jù)下載及處理篩選數(shù)據(jù)，加入cart 從cart中下載需要的文件 紅框中為需要下載的文件。 我選擇了使用linux client和gdc_manifest.t...
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細(xì)胞通訊iTALK使用 - 獲取pathway LR信息使用方法參考大佬寫的就行 http://www.itdecent.cn/p/dfe35a2a02d4[https://www.jianshu....
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