前言在日常分析中，我們經(jīng)常會遇到對同一物種基因ID和symbol之間的互轉(zhuǎn)，或者是不同物種之間同源基因的互轉(zhuǎn)。雖然目前已經(jīng)有幾個包，比如：biomaRt，easyConver...
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babelgene：滿足你對基因互轉(zhuǎn)的所有想象
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標準化。ScaleData()[http...
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單細胞數(shù)據(jù)處理小細節(jié)匯總1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后，矩陣默認會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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空間轉(zhuǎn)錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡介 ??目前，單細胞技術(shù)發(fā)展迅速，單細胞轉(zhuǎn)錄組測序可以幫助我們獲得組織中每個細胞的基因表達水平，但卻無法獲得對應(yīng)空間位置上的信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
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10x HD圖片配準目前經(jīng)手的10x HD數(shù)據(jù)，基本上都要進行圖像配準。建議先人工對齊，然后再進行spaceranger分析，以免分析完成后發(fā)現(xiàn)對不起齊，還要在調(diào)整后再次跑spaceranger...
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空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補充一點更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)，有個函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
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多組cellchat數(shù)據(jù)分析
1. 合并多組數(shù)據(jù) 2.繪制兩組circle圖 3.繪制兩組bubble圖 更多詳情，可查看官方說明Comparison_analysis_of_multiple_datas...
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Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析1、scDRS的計算原理如下所示： 圖片來源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distingui...
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MAGMA軟件實現(xiàn)gene-based & gene-set-based關(guān)聯(lián)分析
作者：Bio_gevin審稿：童蒙編輯：amethyst 隨著全基因組關(guān)聯(lián)分析使用樣本數(shù)量的增加，人們也逐漸認識到很多感興趣的性狀在本質(zhì)上是由微效多基因控制。單個SNP的關(guān)聯(lián)...
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使用GWAS分析與疾病相關(guān)的細胞類型
數(shù)據(jù)準備 https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143[https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143] 分析工...
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DecontX - 去除單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中環(huán)境RNA污染
DecontX是一種通過去除RNA測序數(shù)據(jù)中非細胞信號的工具，它適用于單細胞RNA測序數(shù)據(jù)和高通量RNA測序數(shù)據(jù)。https://github.com/campbio/cel...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組學定義肝臟分區(qū)和結(jié)構(gòu)成分的轉(zhuǎn)錄模式hello，大家好，又是周一，新一周的開始，今天我們要繼續(xù)分析我們的空間轉(zhuǎn)錄組的個性化分析，文章在Spatial Transcriptomics to define tran...
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R語言分數(shù)字符串變小數(shù)
最近處理數(shù)據(jù)遇到了分數(shù)表示的字符串，希望其能變成小數(shù)，現(xiàn)找到如下一些解法例如，有如下分數(shù)字符串，要把它轉(zhuǎn)變?yōu)樾?shù) 第一種方法 利用eval(parse())函數(shù)，不多說 第二...
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日拱一卒，功不唐捐??更多內(nèi)容https://www.yuque.com/books/share/24352a21-d357-4bd2-b211-fbc801f0cb79?# 《大魚的生信筆記》