發(fā)簡信
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連續(xù)性變量做生存分析：時間依賴性ROC曲線找截斷值
一.對一個連續(xù)性變量做生存分析，我們首先需要把變量分成兩組，有兩組才能有比較，此處需要用到ROC曲線，因為ROC曲線能找到最有意義的一個點。 （要注意的是，因為生存資料的結(jié)果...
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公眾號 生信小課堂
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R ESTIMATE計算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度ESTIMATE計算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度 1.概述 Estimate根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來計算免疫基質(zhì)得分，也可得到腫瘤樣本的腫瘤純度 其原理本質(zhì)上是先收集好免疫基因集和基質(zhì)基...
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【轉(zhuǎn)】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...本文轉(zhuǎn)載自：http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml 最近在做KEGG富集分析時，...
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學(xué)R語言的小辣雞
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時，都是在公司做測序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
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歡迎關(guān)注公眾號 “生信交流平臺”
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KEGG富集分析一直報錯，粉絲拯救了我！前面小編給大家介紹過 ?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.c...
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GEO——代碼復(fù)現(xiàn)
文章題目：Identification of the interaction network of hub genes for melanoma treated with v...
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腫瘤微環(huán)境中免疫細胞的雙重作用：促腫瘤和抗腫瘤及其觸發(fā)因素免疫系統(tǒng)與腫瘤之間的關(guān)系是目前癌癥領(lǐng)域研究最多的課題之一。以前，人們認為癌癥僅腫瘤本身的作用；然而，現(xiàn)在我們知道它需要不同細胞和細胞因子的支持，即腫瘤微環(huán)境（TME）。在構(gòu)成...
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南京大學(xué)生物學(xué)，佛系更新~
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好物分享：ggsignif——優(yōu)雅添加顯著性標(biāo)記該包目前僅適用于利用 ggplot2 進行繪制的圖形 我們在利用ggplot2進行數(shù)據(jù)可視化的時候經(jīng)常會需要對兩組數(shù)據(jù)進行比較，并添加顯著性標(biāo)記，自己學(xué)習(xí)之余，也給大家分享一...
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TME免疫評分與基質(zhì)評分首先會給大家介紹腫瘤的微環(huán)境，腫瘤微環(huán)境是腫瘤細胞所處的細胞環(huán)境，其組成包括細胞外基質(zhì)、可溶性分子和腫瘤基質(zhì)細胞。腫瘤微環(huán)境一旦形成，眾多面會議細胞，如T細胞、髓源抑制細胞、...
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