今天分享一個(gè)實(shí)用的數(shù)據(jù)提取思路：從VCF文件中提取指定列，比如有1000個(gè)樣本，需要從中提取出200個(gè)制定樣本，形成新的vcf文件。需要在Linux環(huán)境下進(jìn)行操作，主要用到p...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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Linux環(huán)境下利用perl腳本批量篩選VCF文件指定樣本
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@流光0_0 好的，謝謝。
bamCoverage報(bào)錯(cuò)：[W::hts_idx_load3] The index file is older than the data file: ·····.bam.bai
在使用bamCoverage將bam文件轉(zhuǎn)換成bw文件時(shí)發(fā)現(xiàn)日志文件有許多警告信息： [W::hts_idx_load3] The index file is older t...
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因?yàn)槲业氖怯脖P傳上去的數(shù)據(jù)，索引文件小，所以時(shí)間較早
bamCoverage報(bào)錯(cuò)：[W::hts_idx_load3] The index file is older than the data file: ·····.bam.bai
在使用bamCoverage將bam文件轉(zhuǎn)換成bw文件時(shí)發(fā)現(xiàn)日志文件有許多警告信息： [W::hts_idx_load3] The index file is older t...
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這個(gè)報(bào)錯(cuò)會(huì)影響輸出結(jié)果文件嘛
bamCoverage報(bào)錯(cuò)：[W::hts_idx_load3] The index file is older than the data file: ·····.bam.bai
在使用bamCoverage將bam文件轉(zhuǎn)換成bw文件時(shí)發(fā)現(xiàn)日志文件有許多警告信息： [W::hts_idx_load3] The index file is older t...
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人類泛基因組草圖發(fā)布近日，人類泛基因組參考聯(lián)盟（HPRC）在《Nature》雜志上發(fā)表了《人類泛基因組草圖》。相較于我們常用的GRCh37、GRh38 等線性參考基因組，泛基因組在微小變異檢測(cè)和...
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最完整的人參考基因組
最近看了一篇人基因組組裝的文章，和大家分享一下。 國(guó)際人類基因組測(cè)序協(xié)會(huì)在2001年發(fā)表了人類基因組草圖，今天這篇文獻(xiàn)2021年5月27由Telomere-to-Telome...
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人類參考基因組知識(shí)點(diǎn)(更新ing~)一、人類基因組有多大 參照UCSC提供的hg38版本，也是目前常用的人類參考基因組http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38...
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2020-01-15 了解人類不同版本參考基因組及如何選擇2013年發(fā)布了GRCh38，每年會(huì)在不改變序列和坐標(biāo)的情況下發(fā)布一些Patcheshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/help/patches...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（一）：基礎(chǔ)知識(shí)與基本思路寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班課堂筆記 1. Genome de nove 基礎(chǔ)知...
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十問(wèn)十答| 你想知道的重測(cè)序問(wèn)題都在這了！
1. hg19、GRCh37、GRCh38、B37這4種參考基因組的區(qū)別？ （1）來(lái)源： hg19來(lái)自UCSC，GRCh37、GRCh38來(lái)自NCBI，b37來(lái)自千人基因組第...
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1092個(gè)人類基因組遺傳變異的綜合圖譜（千人基因組計(jì)劃）這次分享的是1000基因組項(xiàng)目聯(lián)合會(huì)在2012年發(fā)表在Nature (IF:49.962, 2020) 上的文章An integrated map of genetic va...
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你好，想問(wèn)一下，我相同的命令畫出來(lái)的Png圖，染色體邊上有留白。你有遇到過(guò)這種情況嘛，怎么處理呢
dotPlotly－Minimap2比對(duì)paf文件比對(duì)可視化
最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對(duì)報(bào)內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對(duì)分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
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「R繪圖」minimap2的PAF文件如何進(jìn)行可視化？
Minimap2是知名比對(duì)工具BWA的開(kāi)發(fā)者Li Heng新開(kāi)發(fā)的比對(duì)工具，它能夠快速的將DNA或者mRNA序列比對(duì)到參考基因組上，使用場(chǎng)景有下面幾種： 將PacBio或OX...
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2021-06-26 dotPlotlydotPlotly 是兩個(gè)R 腳本的項(xiàng)目，可以用來(lái)畫paf文件格式（minimap2 比對(duì)軟件的默認(rèn)輸出格式）mummer (nucmer -> show-coords) o...
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dotPlotly－Minimap2比對(duì)paf文件比對(duì)可視化最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對(duì)報(bào)內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對(duì)分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
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@Chipcui 好嘞，謝謝博主。
基因組結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)工具的整合
前言 從原核到真核，幾乎所有生物的表型變異，環(huán)境適應(yīng)和物種形成都與基因組間的結(jié)構(gòu)變異有關(guān)。而關(guān)于結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)的工具也有很多，幾乎都是基于二代測(cè)序數(shù)據(jù)。然而，由于不同的工具針對(duì)...
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組學(xué)工具合集
組學(xué)工具合集 整理了一些目前知道的與組學(xué)相關(guān)的工具，可能不全面，歡迎補(bǔ)充 基因組學(xué) 一代組裝 Celera Assembler: 最具代表性的工具 二代組裝 Minia SP...
