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Kraken2建庫及使用
Kraken軟件可以通過序列對樣本進(jìn)行物種注釋，kraken2在該軟件基礎(chǔ)之上做了一些更新，其中包括注釋的加速、支持氨基酸序列的注釋等其他特性。...
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python正則表達(dá)式及re模塊的使用
正則表達(dá)式使用一些既定的表達(dá)式來實現(xiàn)文本檢索和其他字符串處理的功能，在python中，re模塊可以使用正則表達(dá)式能夠快速的提取目標(biāo)文本、文本替換...
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核苷酸/氨基酸序列聚類去重Cd-hit
我們在分析測序數(shù)據(jù)或者下載數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)時，經(jīng)常需要合并數(shù)據(jù)。期間不可避免的出現(xiàn)重復(fù)序列，為了減少減少后續(xù)資源的使用，更快速地分析數(shù)據(jù)，往往需要先對...
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NCBI的Remap工具停用隨著測序技術(shù)的普及和組裝技術(shù)的完善，物種基因組版本更新很快。如果我們手頭的數(shù)據(jù)是使用老版本基因組分析的結(jié)果，可以使用現(xiàn)成的工具直接轉(zhuǎn)換（轉(zhuǎn)換會有...
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[基因家族鑒定] hmmsearch結(jié)果解讀
在基因家族分析中，hmmsearch用來在很多候選序列中尋找具有某種基因家族結(jié)構(gòu)域的蛋白。在尋找時，需要提供基因家族對應(yīng)的隱馬模型。前段時間給大...
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基因家族數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站更新：pfam to InterPro在基因家族分析中，通過pfam數(shù)據(jù)庫檢索獲得已知基因家族的hmm模型(隱馬模型)是必不可少的一步，最近發(fā)現(xiàn)pfam數(shù)據(jù)庫有變動，和大家分享一下。...
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使用長讀長測序reads進(jìn)行基因組組裝-miniasm
三代測序因為長讀長的特點，在基因組組裝方面有明顯的優(yōu)勢。今天給大家介紹一款基因組組裝軟件，miniasm。該軟件可用于Pacbio和ONT兩個平...
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blast本地比對輸出結(jié)果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進(jìn)行本地blast庫的創(chuàng)建及比對，今天跟大家聊聊比對結(jié)果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出...
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blast本地比對輸出結(jié)果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進(jìn)行本地blast庫的創(chuàng)建及比對，今天跟大家聊聊比對結(jié)果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出...