Kraken軟件可以通過序列對樣本進(jìn)行物種注釋，kraken2在該軟件基礎(chǔ)之上做了一些更新，其中包括注釋的加速、支持氨基酸序列的注釋等其他特性。 軟件安裝、基本使用以及專有數(shù)...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
-
Kraken2建庫及使用
-
python正則表達(dá)式及re模塊的使用
正則表達(dá)式使用一些既定的表達(dá)式來實現(xiàn)文本檢索和其他字符串處理的功能，在python中，re模塊可以使用正則表達(dá)式能夠快速的提取目標(biāo)文本、文本替換等操作。接下來就給大家介紹一下...
-
核苷酸/氨基酸序列聚類去重Cd-hit
我們在分析測序數(shù)據(jù)或者下載數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)時，經(jīng)常需要合并數(shù)據(jù)。期間不可避免的出現(xiàn)重復(fù)序列，為了減少減少后續(xù)資源的使用，更快速地分析數(shù)據(jù)，往往需要先對數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類/去重。這種類型的...
-
NCBI的Remap工具停用隨著測序技術(shù)的普及和組裝技術(shù)的完善，物種基因組版本更新很快。如果我們手頭的數(shù)據(jù)是使用老版本基因組分析的結(jié)果，可以使用現(xiàn)成的工具直接轉(zhuǎn)換（轉(zhuǎn)換會有一些失敗和錯誤的風(fēng)險）。之前給...
-
@還不會寫論文 這個不清楚，如果能用的話應(yīng)該可以
基因家族數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站更新：pfam to InterPro
在基因家族分析中，通過pfam數(shù)據(jù)庫檢索獲得已知基因家族的hmm模型(隱馬模型)是必不可少的一步，最近發(fā)現(xiàn)pfam數(shù)據(jù)庫有變動，和大家分享一下。 1. pfam數(shù)據(jù)庫 pfa...
-
@大冰1997 如果登錄賬戶樂，并且可以保存之前修改的進(jìn)化樹，第二次登陸的時候可以從my tree里面選擇需要修改的進(jìn)化樹就行。
進(jìn)化樹-itol上色美化
進(jìn)化樹或者系統(tǒng)發(fā)育樹在微生物及群體結(jié)構(gòu)分析中是很常見的分析條目。進(jìn)化樹構(gòu)建有很多方法，結(jié)果也大體相似，但是最終呈現(xiàn)的形式確是多種多樣的，今天給大家介紹使用itol進(jìn)行進(jìn)化樹的...
-
[基因家族鑒定] hmmsearch結(jié)果解讀
在基因家族分析中，hmmsearch用來在很多候選序列中尋找具有某種基因家族結(jié)構(gòu)域的蛋白。在尋找時，需要提供基因家族對應(yīng)的隱馬模型。前段時間給大家介紹了pfam數(shù)據(jù)庫更新后h...
-
基因家族數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站更新：pfam to InterPro在基因家族分析中，通過pfam數(shù)據(jù)庫檢索獲得已知基因家族的hmm模型(隱馬模型)是必不可少的一步，最近發(fā)現(xiàn)pfam數(shù)據(jù)庫有變動，和大家分享一下。 1. pfam數(shù)據(jù)庫 pfa...
-
使用長讀長測序reads進(jìn)行基因組組裝-miniasm
三代測序因為長讀長的特點，在基因組組裝方面有明顯的優(yōu)勢。今天給大家介紹一款基因組組裝軟件，miniasm。該軟件可用于Pacbio和ONT兩個平臺的數(shù)據(jù)組裝，分析速度很快。 ...
-
合并的是gvcf？看log是因為軟件版本不對，使用的文件里的統(tǒng)計結(jié)果用現(xiàn)在的軟件無法讀取
gatk4使用總結(jié)
昨天看了gatk的官網(wǎng)，從2018年發(fā)布正式版的4.0.0開始，到現(xiàn)在已經(jīng)更新到4.1.8，在速度和準(zhǔn)確度上都有了大幅的提升。gatk4除了整合picard軟件之外，在使用上...
-
我是用haploview做的，可以先用其他軟件確定block區(qū)間，縮小一下范圍，然后用這個來畫圖。如果范圍太大，用這個可能畫不出來。連鎖的話，相鄰多個點數(shù)越大或者顏色越深連鎖性越強
Haploview軟件使用-連鎖不平衡分析
當(dāng)位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因同時出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機分布的兩個等位基因同時出現(xiàn)的概率時，就稱這兩個座位處于連鎖不平衡的狀態(tài)。目前，連鎖不平衡分析...
-
@Cloudtop_a71a domain的那個
進(jìn)化樹-itol上色美化
進(jìn)化樹或者系統(tǒng)發(fā)育樹在微生物及群體結(jié)構(gòu)分析中是很常見的分析條目。進(jìn)化樹構(gòu)建有很多方法，結(jié)果也大體相似，但是最終呈現(xiàn)的形式確是多種多樣的，今天給大家介紹使用itol進(jìn)行進(jìn)化樹的...
-
blast本地比對輸出結(jié)果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進(jìn)行本地blast庫的創(chuàng)建及比對，今天跟大家聊聊比對結(jié)果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出格式，官方提供的輸出格式是19...
-
blast本地比對輸出結(jié)果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進(jìn)行本地blast庫的創(chuàng)建及比對，今天跟大家聊聊比對結(jié)果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出格式，官方提供的輸出格式是19...
-
@Cloudtop_a71a 給一個模塊信息的文件就行，官網(wǎng)有模板下載
進(jìn)化樹-itol上色美化
進(jìn)化樹或者系統(tǒng)發(fā)育樹在微生物及群體結(jié)構(gòu)分析中是很常見的分析條目。進(jìn)化樹構(gòu)建有很多方法，結(jié)果也大體相似，但是最終呈現(xiàn)的形式確是多種多樣的，今天給大家介紹使用itol進(jìn)行進(jìn)化樹的...
-
最完整的人參考基因組
最近看了一篇人基因組組裝的文章，和大家分享一下。 國際人類基因組測序協(xié)會在2001年發(fā)表了人類基因組草圖，今天這篇文獻(xiàn)2021年5月27由Telomere-to-Telome...
-
@麥田里的守望者_(dá)98a5 這個命令不全吧，定位不了錯誤
來聊一聊軟件安裝
做生信的朋友一般對軟件都不陌生，我們處理數(shù)據(jù)的整個過程或多或少的都會用到各種發(fā)表的軟件，今天來和大家聊聊如何進(jìn)行軟件的選擇及安裝。 1. 軟件選擇 軟件選擇沒什么需要注意的，...
-
@高赫廷 沒遇見過這個，感覺是模塊版本和R版本不一致導(dǎo)致的，更新一下試試
更新AnnotationHub對應(yīng)數(shù)據(jù)庫
最近在使用AnnotationHub下載Orgdb數(shù)據(jù)時遇到了一個問題，使用模塊更新數(shù)據(jù)后發(fā)現(xiàn)日期停留在了2018年，數(shù)據(jù)沒有更新?，F(xiàn)在很多分析依賴數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)，如果不更新，分...
-