教程來源https://www.omicsclass.com/article/675 FigTree可以基于系統(tǒng)進化樹分析文件nwk進行進化樹顯示和美化，具體可以參考：htt...
IP屬地：廣西
-
FigTree進化樹批量修改ID -
@驚鴻影 好的，謝謝
使用BAMM估算分化速率
BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一種根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生樹對物種形成、滅絕和性狀進化的復雜動力學建模的程序...
-
2019-05-21-多基因聯(lián)合建樹軟件astral方法
description astral是基于java開發(fā)的根據(jù)一組無根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
-
@驚鴻影 就是很慢 我也很奇怪 數(shù)據(jù)量我感覺不算很大
使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化
BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運行后首先就要看看運行是否收斂 結(jié)果如下...
-
@驚鴻影 我就150個樣 一萬六BP 到今天才跑完 一千萬代 還沒有穩(wěn)定 我不知道是哪里出問題 就是跑的很慢
使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化
BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運行后首先就要看看運行是否收斂 結(jié)果如下...
-
BioGeoBEARS軟件：老師您知道在計算了祖先分布之后，怎么去計算他的擴散事件有幾個嗎。
使用BAMM估算分化速率
BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一種根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生樹對物種形成、滅絕和性狀進化的復雜動力學建模的程序...
-
祖先狀態(tài)重建—揭示物種性狀的起源與演化我覺得處理任何事情，不僅要做到“知其然”，還要做到“知其所以然”。在做事情時，如果僅知道低頭蠻干，不知道抬頭看路；只知道跟著“牽牛繩”的方向，在鞭子的抽打下前進或停止，那么最...
-
它這個在電腦本地運行的時候就是很久嗎 我運行了一千萬代 一個星期了 才跑六百萬 感覺好慢好慢
使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化
BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運行后首先就要看看運行是否收斂 結(jié)果如下...
-
系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進化歷史必不可少的信息，我們可以利用它得到一些重要歷史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進化與多樣化（Character evoluti...
-
使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運行后首先就要看看運行是否收斂 結(jié)果如下...
-
@深山夕照深秋雨OvO 好的，怎么確認自己跑沒跑結(jié)束，我看都有figtre 了，可是結(jié)果打開錯誤。還是說我出錯了，結(jié)果不對
基因家族的收縮與擴張 與 物種分歧時間的估計
0.軟件的安裝略1.物種樹的構(gòu)建參見 http://www.itdecent.cn/p/336b65ca1b67[http://www.itdecent.cn/p/336...
-
你好，算的baseml 結(jié)果中并沒有替換速率那一行，這是為什么呢
基因家族的收縮與擴張 與 物種分歧時間的估計
0.軟件的安裝略1.物種樹的構(gòu)建參見 http://www.itdecent.cn/p/336b65ca1b67[http://www.itdecent.cn/p/336...
-
基因家族的收縮與擴張 與 物種分歧時間的估計
0.軟件的安裝略1.物種樹的構(gòu)建參見 http://www.itdecent.cn/p/336b65ca1b67[http://www.itdecent.cn/p/336...
-
mcmctree估算物種分歧時間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時間對探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進化樹以及估算物種分化時間在比較基因組學的研究進展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
-
利用核酸序列估算分歧時間需要的文件 1.帶有話是標定點的物種樹2.比對好的phylip格式序列文件 化石標定點物種樹(刪除不需要的枝長等信息) 準備phylip格式序列文件 修改fa文件內(nèi)部序列名字...
-
mcmctree分化時間
利用核酸序列估算分歧時間[http://www.itdecent.cn/p/c659a6a0b42b] 前期準備 使用phylosuite對葉綠體基因提取，比對，串聯(lián)和建樹...
-
系統(tǒng)發(fā)育樹shell工具Newick UtilitiesNewick Utilities是一套用于處理系統(tǒng)發(fā)育樹的unix shell工具，其功能包括重置根（re-root）、提取子樹、修剪、合并枝以及可視化。 Newick Ut...
-
含有時間節(jié)點的new 格式怎么弄呢
mcmctree估算物種分歧時間
基因序列中的密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例進行替換，具有恒定的演化速率，因此兩個物種時間的遺傳距離與物種分歧時間成正比。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時間做一...
-
Beast系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和分化時間的估算(上)以下內(nèi)容參考了同研究組師弟整理的筆記、和網(wǎng)絡資源：Beast v1.8簡易手冊-修訂版 · 語雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
