教程來源https://www.omicsclass.com/article/675 FigTree可以基于系統(tǒng)進(jìn)化樹分析文件nwk進(jìn)行進(jìn)化樹顯示和美化，具體可以參考：htt...
IP屬地：上海
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FigTree進(jìn)化樹批量修改ID -
@驚鴻影 好的，謝謝
使用BAMM估算分化速率
BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一種根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生樹對物種形成、滅絕和性狀進(jìn)化的復(fù)雜動力學(xué)建模的程序...
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2019-05-21-多基因聯(lián)合建樹軟件astral方法
description astral是基于java開發(fā)的根據(jù)一組無根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
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@驚鴻影 就是很慢 我也很奇怪 數(shù)據(jù)量我感覺不算很大
使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化
BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運(yùn)行后首先就要看看運(yùn)行是否收斂 結(jié)果如下...
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@驚鴻影 我就150個樣 一萬六BP 到今天才跑完 一千萬代 還沒有穩(wěn)定 我不知道是哪里出問題 就是跑的很慢
使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化
BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運(yùn)行后首先就要看看運(yùn)行是否收斂 結(jié)果如下...
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BioGeoBEARS軟件：老師您知道在計算了祖先分布之后，怎么去計算他的擴(kuò)散事件有幾個嗎。
使用BAMM估算分化速率
BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一種根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生樹對物種形成、滅絕和性狀進(jìn)化的復(fù)雜動力學(xué)建模的程序...
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祖先狀態(tài)重建—揭示物種性狀的起源與演化我覺得處理任何事情，不僅要做到“知其然”，還要做到“知其所以然”。在做事情時，如果僅知道低頭蠻干，不知道抬頭看路；只知道跟著“牽牛繩”的方向，在鞭子的抽打下前進(jìn)或停止，那么最...
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它這個在電腦本地運(yùn)行的時候就是很久嗎 我運(yùn)行了一千萬代 一個星期了 才跑六百萬 感覺好慢好慢
使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化
BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運(yùn)行后首先就要看看運(yùn)行是否收斂 結(jié)果如下...
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系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息，我們可以利用它得到一些重要?dú)v史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進(jìn)化與多樣化（Character evoluti...
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使用bammtools對bamm分析結(jié)果可視化BAMM的全稱是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運(yùn)行后首先就要看看運(yùn)行是否收斂 結(jié)果如下...
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@深山夕照深秋雨OvO 好的，怎么確認(rèn)自己跑沒跑結(jié)束，我看都有figtre 了，可是結(jié)果打開錯誤。還是說我出錯了，結(jié)果不對
基因家族的收縮與擴(kuò)張 與 物種分歧時間的估計
0.軟件的安裝略1.物種樹的構(gòu)建參見 http://www.itdecent.cn/p/336b65ca1b67[http://www.itdecent.cn/p/336...
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你好，算的baseml 結(jié)果中并沒有替換速率那一行，這是為什么呢
基因家族的收縮與擴(kuò)張 與 物種分歧時間的估計
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基因家族的收縮與擴(kuò)張 與 物種分歧時間的估計
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mcmctree估算物種分歧時間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時間對探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
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利用核酸序列估算分歧時間需要的文件 1.帶有話是標(biāo)定點(diǎn)的物種樹2.比對好的phylip格式序列文件 化石標(biāo)定點(diǎn)物種樹(刪除不需要的枝長等信息) 準(zhǔn)備phylip格式序列文件 修改fa文件內(nèi)部序列名字...
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mcmctree分化時間
利用核酸序列估算分歧時間[http://www.itdecent.cn/p/c659a6a0b42b] 前期準(zhǔn)備 使用phylosuite對葉綠體基因提取，比對，串聯(lián)和建樹...
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主要關(guān)注于脊椎動物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡書原賬號：WhyDoWeAge
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系統(tǒng)發(fā)育樹shell工具Newick UtilitiesNewick Utilities是一套用于處理系統(tǒng)發(fā)育樹的unix shell工具，其功能包括重置根（re-root）、提取子樹、修剪、合并枝以及可視化。 Newick Ut...
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含有時間節(jié)點(diǎn)的new 格式怎么弄呢
mcmctree估算物種分歧時間
基因序列中的密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換，具有恒定的演化速率，因此兩個物種時間的遺傳距離與物種分歧時間成正比。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時間做一...
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Beast系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和分化時間的估算(上)以下內(nèi)容參考了同研究組師弟整理的筆記、和網(wǎng)絡(luò)資源：Beast v1.8簡易手冊-修訂版 · 語雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
