1. 關(guān)于 QC Q:過濾線粒體基因是去除低質(zhì)量 cell,核糖體基因用過濾嗎? A: Seurat 教程中沒有提到用核糖體基因的 UMI 含量來過濾細(xì)胞,我看到的文獻(xiàn)中基本...
開始操作 第一步:準(zhǔn)備原始測(cè)序數(shù)據(jù) 我們下載第一個(gè):GSE106273_RAW.tar(183.5 Mb)[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
把外部數(shù)據(jù)讀入R語言里以及在R語言處理的數(shù)據(jù)導(dǎo)出,怎么操作以及注意哪些細(xì)節(jié): 1.認(rèn)識(shí)csv格式2.認(rèn)識(shí)分隔符3.將表格文件讀入R語言,成為數(shù)據(jù)框4.將數(shù)據(jù)框?qū)С觯蔀楸砀裎?..
2018-9-21 梗概 安裝單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)處理軟件Cellranger 安裝R包Seurat 下載cellranger參考數(shù)據(jù)Human reference (GRCh38...
示例數(shù)據(jù):GSE139324有63個(gè)samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241...
Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞[http://www.itdecent.cn/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
寫在前面: 開始做單細(xì)胞之前,報(bào)班或者看視頻之后:好像也不是那么難,做的時(shí)候發(fā)現(xiàn)無數(shù)的坑。 因?yàn)闆]什么生信基礎(chǔ)知識(shí)。 這些寫教程的老六們,不會(huì)去寫基礎(chǔ)知識(shí),導(dǎo)致感覺我學(xué)的單細(xì)...
適用背景 昨天寫的文章[http://www.itdecent.cn/p/8a81071571d9]介紹了Anndata對(duì)象轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象的流程,但是比較稀碎,所以這...
###腫瘤樣本提取 Idents(seurat_obj) <- "orig.ident" ##Idents函數(shù)定義要取的類別 sub_tumor<- subset(seur...
10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達(dá)量畫小提琴圖 需求提取表達(dá)畫小提琴圖對(duì)噪音處理 需求 其實(shí)seurat包已經(jīng)有畫小提琴圖的函數(shù),VlnPlot,參數(shù)也較...