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如何使用 Seurat 分析單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)（ Q&A
1. 關(guān)于 QC Q：過(guò)濾線粒體基因是去除低質(zhì)量 cell，核糖體基因用過(guò)濾嗎？ A： Seurat 教程中沒(méi)有提到用核糖體基因的 UMI 含量來(lái)過(guò)濾細(xì)胞，我看到的文獻(xiàn)中基本...
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使用merge整合多組單細(xì)胞數(shù)據(jù)開(kāi)始操作 第一步：準(zhǔn)備原始測(cè)序數(shù)據(jù) 我們下載第一個(gè)：GSE106273_RAW.tar（183.5 Mb）[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
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R語(yǔ)言_文件讀取與保存把外部數(shù)據(jù)讀入R語(yǔ)言里以及在R語(yǔ)言處理的數(shù)據(jù)導(dǎo)出，怎么操作以及注意哪些細(xì)節(jié)： 1.認(rèn)識(shí)csv格式2.認(rèn)識(shí)分隔符3.將表格文件讀入R語(yǔ)言，成為數(shù)據(jù)框4.將數(shù)據(jù)框?qū)С觯蔀楸砀裎?..
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搬磚的工人<br>
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中山大學(xué)在讀大四學(xué)生，生物技術(shù)專(zhuān)業(yè)，課題方向?yàn)樯镄畔W(xué)。未來(lái)攻讀公共衛(wèi)生碩士學(xué)位。
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實(shí)驗(yàn)記錄1：安裝Cellranger與Seurat，下載數(shù)據(jù)
2018-9-21 梗概 安裝單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)處理軟件Cellranger 安裝R包Seurat 下載cellranger參考數(shù)據(jù)Human reference (GRCh38...
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Seurat包合并多個(gè)單細(xì)胞樣本示例數(shù)據(jù)：GSE139324有63個(gè)samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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Seurat Weekly NO.3|| 直接用Seurat畫(huà)fig2Seurat Weekly NO.0 || 開(kāi)刊詞[http://www.itdecent.cn/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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單細(xì)胞基礎(chǔ)知識(shí)補(bǔ)充1-R數(shù)據(jù)格式（RData、RDA、RDS）
寫(xiě)在前面： 開(kāi)始做單細(xì)胞之前，報(bào)班或者看視頻之后：好像也不是那么難，做的時(shí)候發(fā)現(xiàn)無(wú)數(shù)的坑。 因?yàn)闆](méi)什么生信基礎(chǔ)知識(shí)。 這些寫(xiě)教程的老六們，不會(huì)去寫(xiě)基礎(chǔ)知識(shí)，導(dǎo)致感覺(jué)我學(xué)的單細(xì)...
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【函數(shù)整理版】從Scanpy的Anndata對(duì)象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象2022-06-15
適用背景 昨天寫(xiě)的文章[http://www.itdecent.cn/p/8a81071571d9]介紹了Anndata對(duì)象轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象的流程，但是比較稀碎，所以這...
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單細(xì)胞多樣本混合Seurat對(duì)象取部分樣本下游分析
###腫瘤樣本提取 Idents(seurat_obj) <- "orig.ident" ##Idents函數(shù)定義要取的類(lèi)別 sub_tumor<- subset(seur...
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10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達(dá)量畫(huà)小提琴圖10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達(dá)量畫(huà)小提琴圖 需求提取表達(dá)畫(huà)小提琴圖對(duì)噪音處理 需求 其實(shí)seurat包已經(jīng)有畫(huà)小提琴圖的函數(shù)，VlnPlot，參數(shù)也較...
