發(fā)簡(jiǎn)信
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相關(guān)性分析 Pearson 相關(guān)系數(shù) 和 Spearman 秩相關(guān)系數(shù)
分析連續(xù)變量之間線性相關(guān)程度的強(qiáng)弱，并用適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計(jì)指標(biāo)表示出來的過程稱為相關(guān)分析。本文主要介紹比較常用的 Pearson相關(guān)系數(shù)、Spearman秩相關(guān)系數(shù)。這兩個(gè)相關(guān)性系數(shù)...
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測(cè)序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序...
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ctDNA、cfDNA和CTCs的區(qū)別(1)CTCs 就是循環(huán)腫瘤細(xì)胞(circulating tumor cells)的簡(jiǎn)稱，這玩意就是從原發(fā)腫瘤甚至是轉(zhuǎn)移形成的新腫瘤上掉落下來，并且進(jìn)入到患者的外周血循環(huán)系統(tǒng)...
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保持好奇，持續(xù)學(xué)習(xí)
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最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個(gè)強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對(duì)基因...
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ATAC-seq分析實(shí)操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)（附上收費(fèi)視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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我只是知識(shí)的搬運(yùn)工~
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@xiaoguolaile 謝謝博主不吝賜教??
2020-04-13 WGBS測(cè)序質(zhì)控及分析記錄
測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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2020-04-13 WGBS測(cè)序質(zhì)控及分析記錄
測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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@xiaoguolaile 好的感謝博主解答，請(qǐng)問博主merge正負(fù)鏈位點(diǎn)信息的時(shí)候是如何一個(gè)策略的，下面是五個(gè)示例CG位點(diǎn)：
chr1 942604 + 0 4 CG CGC
chr1 942605 - 0 11 CG CGC
chr1 942606 + 0 4 CG CGC
chr1 942607 - 0 8 CG CGC
chr1 942608 + 0 4 CG CGC
如果合并的話，其輸出是否是？
chr1 942604 + 0 15 CG CGC
chr1 942606 + 0 12 CG CGC
chr1 942608 + 0 4 CG CGC2020-04-13 WGBS測(cè)序質(zhì)控及分析記錄
測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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博主您好，如果我沒理解錯(cuò)的話，我想請(qǐng)問bismark_methylation_extractor里面用了參數(shù)--no_overlap了，為何下面還需要使用Perl腳本進(jìn)行merged CG postition？這個(gè)是否沖突了？
2020-04-13 WGBS測(cè)序質(zhì)控及分析記錄
測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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專注WGBS Chipseq等數(shù)據(jù)分析<br>perl python R腳本編輯處理數(shù)據(jù)
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@生信start_site 好的非常感謝
ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)
在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識(shí)點(diǎn)：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測(cè)染色質(zhì)的類型（異...
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樓主您好，請(qǐng)問您是否知道如何獲取組蛋白修飾區(qū)域的BED格式文件，我想知道H3K27me3等類型的在基因組上的坐標(biāo)，找了全網(wǎng)好像也沒有找到??
ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)
在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識(shí)點(diǎn)：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測(cè)染色質(zhì)的類型（異...
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個(gè)人wx公眾號(hào)：木舟筆記。
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生信分析學(xué)習(xí)筆記 - RNAseq （六）FeatureCounts聲明：本文部分內(nèi)容和部分圖片來源于網(wǎng)絡(luò)。本文為生信小白學(xué)習(xí)筆記，不能保證專業(yè)名詞和內(nèi)容全部正確或權(quán)威。 下圖為某一條RNAseq從數(shù)據(jù)預(yù)處理，序列回帖到數(shù)據(jù)可視化...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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非常感謝博主的提醒，是的，我當(dāng)時(shí)沒發(fā)現(xiàn)sc.tl.diffmap函數(shù)沒運(yùn)行成功，當(dāng)時(shí)想回復(fù)您來著，然后遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò)，最后解決了報(bào)錯(cuò)但忘記回復(fù)您了，感謝
seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對(duì)象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對(duì)象來源：微信公眾號(hào)seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。 怎樣把seurat的對(duì)象轉(zhuǎn)換...
