分析連續(xù)變量之間線性相關(guān)程度的強(qiáng)弱，并用適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計指標(biāo)表示出來的過程稱為相關(guān)分析。本文主要介紹比較常用的 Pearson相關(guān)系數(shù)、Spearman秩相關(guān)系數(shù)。這兩個相關(guān)性系數(shù)...
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相關(guān)性分析 Pearson 相關(guān)系數(shù) 和 Spearman 秩相關(guān)系數(shù)
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測序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
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ctDNA、cfDNA和CTCs的區(qū)別(1)CTCs 就是循環(huán)腫瘤細(xì)胞(circulating tumor cells)的簡稱，這玩意就是從原發(fā)腫瘤甚至是轉(zhuǎn)移形成的新腫瘤上掉落下來，并且進(jìn)入到患者的外周血循環(huán)系統(tǒng)...
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最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對基因...
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ATAC-seq分析實(shí)操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)（附上收費(fèi)視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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2020-04-13 WGBS測序質(zhì)控及分析記錄
測序數(shù)據(jù)質(zhì)控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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生信分析學(xué)習(xí)筆記 - RNAseq （六）FeatureCounts聲明：本文部分內(nèi)容和部分圖片來源于網(wǎng)絡(luò)。本文為生信小白學(xué)習(xí)筆記，不能保證專業(yè)名詞和內(nèi)容全部正確或權(quán)威。 下圖為某一條RNAseq從數(shù)據(jù)預(yù)處理，序列回帖到數(shù)據(jù)可視化...
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seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象來源：微信公眾號seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 怎樣把seurat的對象轉(zhuǎn)換...
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【基因組學(xué)】提取基因的啟動子序列
寫在前面 通常我們碰到的是，根據(jù)gff文件提取cDNA序列，這個比較容易滿足，但是有時候我們需要構(gòu)建native promoter 載體的時候，就需要提取cDNA前面的序列，...
