之前對(duì)R語(yǔ)言和Linux是沒有一點(diǎn)基礎(chǔ)，所以詳細(xì)記錄怎么入門以及如何使用。R語(yǔ)言應(yīng)用很廣，知識(shí)很多，生信分析主要常用哪些知識(shí)，牢牢掌握那些知識(shí)點(diǎn)且應(yīng)用熟練。
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：陜西
-
-
【生信】格式轉(zhuǎn)換：轉(zhuǎn)成bed及bed12格式
基因組注釋gtf文件或bed6文件轉(zhuǎn)bed12文件 上一篇詳細(xì)介紹了bed格式，尤其清楚的解釋了bed格式中的最后三列，這三列對(duì)于理解bed12格式轉(zhuǎn)換至關(guān)重要。 本文主要介...
-
謝謝大佬！
表達(dá)矩陣的合并
劉小澤寫于2018.8.20利用htseq-count、featureCounts等定量軟件生成的counts計(jì)數(shù)文件都是單獨(dú)的，后續(xù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)需要將它們匯集到一起 實(shí)例測(cè)試（...
-
表達(dá)矩陣的合并劉小澤寫于2018.8.20利用htseq-count、featureCounts等定量軟件生成的counts計(jì)數(shù)文件都是單獨(dú)的，后續(xù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)需要將它們匯集到一起 實(shí)例測(cè)試（...
-
作者，你好，我在用myobj <- methRead(file_list,sample.id=list("test1","test2","contr1","contr2"),assembly="M.musculus",treatment=c(1,1,0,0)) 命令的時(shí)候出現(xiàn)了Error in `[.data.frame`(data, , 5) : undefined columns selected這樣的報(bào)錯(cuò)？請(qǐng)問你遇到過這樣的問題嗎？
methylKit 進(jìn)行差異甲基化分析
methylKit 是一個(gè)用于分析甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)的R包，不僅支持WGBS，RRBS和目的區(qū)域甲基化測(cè)序，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)。 其核心功...
-
作者，你好，我在用myobj <- methRead(file_list,sample.id=list("test1","test2","contr1","contr2"),assembly="M.musculus",treatment=c(1,1,0,0)) 命令的時(shí)候出現(xiàn)了Error in `[.data.frame`(data, , 5) : undefined columns selected這樣的報(bào)錯(cuò)？請(qǐng)問你遇到過這樣的問題嗎？
methylKit 進(jìn)行差異甲基化分析
methylKit 是一個(gè)用于分析甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)的R包，不僅支持WGBS，RRBS和目的區(qū)域甲基化測(cè)序，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)。 其核心功...
-
你好，我想問一下你有沒有遇到過在用bsseq處理數(shù)據(jù)時(shí)，數(shù)據(jù)帶有NA，進(jìn)而到BSmooth.tstat這一步?jīng)]辦法進(jìn)行的現(xiàn)象？如果有的話，我能問問您是怎么解決的嗎？
bsseq 進(jìn)行差異甲基化分析