之前對R語言和Linux是沒有一點基礎(chǔ)，所以詳細記錄怎么入門以及如何使用。R語言應(yīng)用很廣，知識很多，生信分析主要常用哪些知識，牢牢掌握那些知識點且應(yīng)用熟練。
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【生信】格式轉(zhuǎn)換：轉(zhuǎn)成bed及bed12格式
基因組注釋gtf文件或bed6文件轉(zhuǎn)bed12文件 上一篇詳細介紹了bed格式，尤其清楚的解釋了bed格式中的最后三列，這三列對于理解bed12格式轉(zhuǎn)換至關(guān)重要。 本文主要介...
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謝謝大佬！
表達矩陣的合并
劉小澤寫于2018.8.20利用htseq-count、featureCounts等定量軟件生成的counts計數(shù)文件都是單獨的，后續(xù)進行統(tǒng)計需要將它們匯集到一起 實例測試（...
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表達矩陣的合并劉小澤寫于2018.8.20利用htseq-count、featureCounts等定量軟件生成的counts計數(shù)文件都是單獨的，后續(xù)進行統(tǒng)計需要將它們匯集到一起 實例測試（...
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作者，你好，我在用myobj <- methRead(file_list,sample.id=list("test1","test2","contr1","contr2"),assembly="M.musculus",treatment=c(1,1,0,0)) 命令的時候出現(xiàn)了Error in `[.data.frame`(data, , 5) : undefined columns selected這樣的報錯？請問你遇到過這樣的問題嗎？
methylKit 進行差異甲基化分析
methylKit 是一個用于分析甲基化測序數(shù)據(jù)的R包，不僅支持WGBS，RRBS和目的區(qū)域甲基化測序，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)。 其核心功...
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作者，你好，我在用myobj <- methRead(file_list,sample.id=list("test1","test2","contr1","contr2"),assembly="M.musculus",treatment=c(1,1,0,0)) 命令的時候出現(xiàn)了Error in `[.data.frame`(data, , 5) : undefined columns selected這樣的報錯？請問你遇到過這樣的問題嗎？
methylKit 進行差異甲基化分析
methylKit 是一個用于分析甲基化測序數(shù)據(jù)的R包，不僅支持WGBS，RRBS和目的區(qū)域甲基化測序，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)。 其核心功...
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你好，我想問一下你有沒有遇到過在用bsseq處理數(shù)據(jù)時，數(shù)據(jù)帶有NA，進而到BSmooth.tstat這一步?jīng)]辦法進行的現(xiàn)象？如果有的話，我能問問您是怎么解決的嗎？
bsseq 進行差異甲基化分析