@守候在凌晨 好的，感謝～
DNA甲基化分析④去重復＆計算胞嘧啶的甲基化值1、去除冗余的reads 結(jié)果： 2、將bam文件轉(zhuǎn)化為sam文件 結(jié)果： 3、計算每個胞嘧啶的甲基化值 結(jié)果：
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請問比對完并有了每個位點的甲基化水平之后，下游分析第一步就是PCA嗎？
DNA甲基化分析④去重復＆計算胞嘧啶的甲基化值
1、去除冗余的reads 結(jié)果： 2、將bam文件轉(zhuǎn)化為sam文件 結(jié)果： 3、計算每個胞嘧啶的甲基化值 結(jié)果：
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請教一下：請問bismark比對后應該怎么進行后續(xù)分析？看了很多教程還是一頭霧水
DNA甲基化分析----------甲基化比對軟件專題（Bismark）
??我們在上個筆記中介紹了一些關于DNA甲基化的基本概念。那么如何去判斷這個序列里面甲基化的信息呢？今天我們就來就這個話題好好聊一聊~--------------------...
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專注WGBS Chipseq等數(shù)據(jù)分析<br>perl python R腳本編輯處理數(shù)據(jù)
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病原微生物擴增子數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（一）：bcl2fastq軟件完成數(shù)據(jù)拆分
懂得了那么多道理，卻依然過不好這一生。 所以理論歸理論，最終要落實到分析代碼上，咱們從這一篇開始，介紹一套擴增子數(shù)據(jù)分析流程。 閑話少敘，首先介紹一下項目背景： 測序平臺: ...
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您好，感謝分享～請問如果公司給的直接是fastq文件，是不是說明demultiplexing 這一步已經(jīng)做了？
bcl2fastq 產(chǎn)生的多個lane 的fastq.gz 合并
bcl2fastq 產(chǎn)生的文件結(jié)果如下（4個lane fastq.gz 文件）： 現(xiàn)在要將多個lane 的fastq.gz合并，方便下步驟的分析。 方法1： 方法1： 結(jié)果分...
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您好，感謝分享～生信入門中，想跟著您的這個教程學習
也看了很多介紹，但對整個分析的模式我還不是很理解，請問您是在Linux環(huán)境下安裝R及這些R包進行分析的嗎？
那自己本地的R一般是只用作下游的一些高級分析？scATAC-seq數(shù)據(jù)分析練習（成年小鼠大腦組織）
教程官網(wǎng)以及練習數(shù)據(jù)下載：https://satijalab.org/signac/articles/ 在這個練習里使用了成年小鼠大腦細胞的scATAC-seq數(shù)據(jù)來作為例子...
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廈大本科，清華生科院博士生在讀，對表觀遺傳，計算生物學，發(fā)育生物學領域感興趣
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您好，請教您一下，如果處理10X scATAC測序的原始數(shù)據(jù)，我第一步要做的是不是用cellranger進行質(zhì)控？
scATAC分析實戰(zhàn)（step1）
scATAC_Code 對單細胞測序感興趣的可以先參考下面的課程：Analysis of single cell RNA-seq data：https://scrnaseq-...
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Seurat學習與使用（一）簡介 ??Seurat是一個r包，被設計用于單細胞rna-seq數(shù)據(jù)的細胞質(zhì)控和分析。Seurat旨在使用戶能夠識別和解釋單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的異質(zhì)性來源，同時提供整合不同類型...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測可能的開放染色質(zhì)位點...
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sc-ATAC-seq細胞類型注釋策略解釋任何單細胞測序數(shù)據(jù)的起點都是對給定數(shù)據(jù)集中的細胞簇進行注釋。由于缺乏專門設計的工具以及在單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)中使用不直觀的順式和跨式調(diào)控元素（unintuitive...
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您好，請問流程第二步中“計算Raw deviation for background peaks” 中backgroud peaks是指啥？（努力想弄明白各種原理中...
Week4— chromVAR:預測染色質(zhì)可及性相關的轉(zhuǎn)錄因子
第四周 2018— 06.11-06.17原文： chromVAR: Inferring transcription factor-associated accessibil...
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《基因的生物信息學分析》借助高通量測序和生物信息學分析，解碼生物基因組，揭示生命奧秘。
