我生活在一線城市，每逢節(jié)假日或者需要用車的時(shí)候都是采用租車方式，對(duì)于買車，已經(jīng)搖號(hào)了好幾年，還沒有搖到號(hào)，反正聽天由命吧！能中再說。 長(zhǎng)期的租車生活方式讓我經(jīng)常思考和...
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長(zhǎng)期租車好還是買車好？ -
7. vegan包進(jìn)行PCoA分析和可視化簡(jiǎn)介 PCoA分析，即主坐標(biāo)分析（principal co-ordinates analysis），是一種非約束性的數(shù)據(jù)降維分析方法，可用來研究樣本的相似性或差異性，與PCA...
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如何正確理解菌群alpha-beta多樣性@(Dayueban)[腸道菌群|alpha多樣性|beta多樣性] 導(dǎo)讀 很多時(shí)候我們往往拿著現(xiàn)成的數(shù)據(jù)就開始分析了（因?yàn)橛袔熜謳熃愕拇a啊教程?。?，或者干脆是公司測(cè)序和分...
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2021-06-18 兩組間差異分析之t檢驗(yàn)在R中實(shí)現(xiàn)來源：小白魚的生統(tǒng)筆記 如有侵犯，立刪做統(tǒng)計(jì)學(xué)分析的其中一個(gè)重要目的就是尋找組間差異，在研究中，我們最常關(guān)注的問題莫過于處理組與對(duì)照組是否存在了顯著不同。就兩組間比較而言，t...
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Adonis與ANOSIM檢驗(yàn)究竟是什么？做微生物16S測(cè)序的時(shí)候，公司的報(bào)告里經(jīng)常會(huì)給到兩種檢驗(yàn)Adonis和ANOSIM，聽過t.test、wilicox、anova各種檢驗(yàn)，那么Adonis和ANOSIM檢驗(yàn)是...
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R: adonis進(jìn)行permannovaadonis文檔：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
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【vscode設(shè)置對(duì)應(yīng)版本的R】最近蹭一波熱度，重新開始用vscode寫R。但是在配置過程中還是會(huì)遇到一些問題，遇到有意思的就記錄下來。當(dāng)通過Rpath修改/添加了R可執(zhí)行文件，如下： 但還是發(fā)現(xiàn)無法設(shè)置成...
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繪制堆疊柱形圖（ggplot 2）使用群落微生物物種豐度表數(shù)據(jù)
群落微生物物種豐度表-繪制堆疊柱形圖（ggplot 2） 今天我們先來講一下如何利用細(xì)菌群落的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)來繪制堆疊柱形圖來展示不同樣品中優(yōu)勢(shì)菌的相對(duì)多度。 話不多說，直接...
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R語(yǔ)言創(chuàng)建空數(shù)據(jù)框(Empty Data Frame )用于追加數(shù)據(jù)
創(chuàng)建指定列數(shù)的空數(shù)據(jù)框 方法一 通過填充行再刪除行生成空數(shù)據(jù)框 方法二 通過創(chuàng)建空矩陣轉(zhuǎn)換成空數(shù)據(jù)框 方法三 通過填充初始化向量生成空數(shù)據(jù)框 通過向空數(shù)據(jù)框循環(huán)填充等長(zhǎng)向量實(shí)...
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web scraper入門1.下載與安裝 網(wǎng)頁(yè)下載[https://crxdl.com/]網(wǎng)頁(yè)下載 我的網(wǎng)盤分享(提取碼n302)[https://pan.baidu.com/s/1F4KeEfmeR...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖火山圖是測(cè)序分析報(bào)告中最為核心的圖片之一。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等，本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個(gè)R包演示[1][2]。橫坐標(biāo)為Fol...
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clusterProfiler包做GO分析1、加載需要的包 2、導(dǎo)入數(shù)據(jù) 我這里的數(shù)據(jù)其實(shí)就是一列基因名，是通過其它分析挑選出來的幾百個(gè)基因，想要看看這些基因是否能夠富集到某些特殊的通路3、ID轉(zhuǎn)化做GO分析是不能直...
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科研狗，生物信息學(xué)
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從官網(wǎng)上下載TCGA數(shù)據(jù)不知從TCGA下了多少次數(shù)據(jù)了，每次都像失憶了一樣重新研究……果然凡事都該動(dòng)筆記下來 TAT本次以肝癌數(shù)據(jù)為例操作系統(tǒng)：MAC OS 1. 登陸TCGA網(wǎng)站 https://...
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CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
