相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時(shí)，都是在公司做測序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個(gè)差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
發(fā)簡信
IP屬地：吉林
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM -
國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)公共庫，并在文中提供accession number，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開共享，這是國際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時(shí)只能上傳到美國...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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轉(zhuǎn)錄組分析2——比對基因組莎莎寫于2020.5.1學(xué)校第一批返校的同學(xué)已經(jīng)解封了，我還在賓館隔離我今天在這里立個(gè)Flag：每天都要寫簡書?哈哈哈，可能不太現(xiàn)實(shí)，但是至少今天是新的一個(gè)月的開始要好好學(xué)習(xí)...
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MultiQC軟件的安裝及運(yùn)行一、MultiQC的簡介 二代測序技術(shù)的進(jìn)步催生了高通量測序數(shù)據(jù)的生成。對于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估，每一步分析結(jié)果的評估是后續(xù)結(jié)果可信度的衡量和保障。目前，有許多生信軟件支持測序...
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單細(xì)胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
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單細(xì)胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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免疫細(xì)胞注釋-3：B細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
