相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時(shí)，都是在公司做測(cè)序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個(gè)差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM -
請(qǐng)問(wèn)一下，有些下機(jī)數(shù)據(jù)太大，拆分成了好幾個(gè)小的文件，這個(gè)時(shí)候file name該怎么命名呢！ 感謝
國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA
前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測(cè)序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)公共庫(kù)，并在文中提供accession number，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開(kāi)共享，這是國(guó)際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時(shí)只能上傳到美國(guó)...
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國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測(cè)序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)公共庫(kù)，并在文中提供accession number，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開(kāi)共享，這是國(guó)際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時(shí)只能上傳到美國(guó)...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋?zhuān)?免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來(lái)計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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免疫學(xué)碩士一枚～<br>生信熱愛(ài)者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
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轉(zhuǎn)錄組分析2——比對(duì)基因組莎莎寫(xiě)于2020.5.1學(xué)校第一批返校的同學(xué)已經(jīng)解封了，我還在賓館隔離我今天在這里立個(gè)Flag：每天都要寫(xiě)簡(jiǎn)書(shū)?哈哈哈，可能不太現(xiàn)實(shí)，但是至少今天是新的一個(gè)月的開(kāi)始要好好學(xué)習(xí)...
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MultiQC軟件的安裝及運(yùn)行一、MultiQC的簡(jiǎn)介 二代測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步催生了高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的生成。對(duì)于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估，每一步分析結(jié)果的評(píng)估是后續(xù)結(jié)果可信度的衡量和保障。目前，有許多生信軟件支持測(cè)序...
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單細(xì)胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
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單細(xì)胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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免疫細(xì)胞注釋-3：B細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋?zhuān)?免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋?zhuān)?免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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Seurat識(shí)別細(xì)胞類(lèi)群的原理（FindNeighbors和FindClusters）眾所周知，seurat在降維之后主要依據(jù)兩個(gè)函數(shù)來(lái)進(jìn)行細(xì)胞分類(lèi)，這里我們來(lái)深入了解一下seurat如何進(jìn)行細(xì)胞分類(lèi)的。首先我們來(lái)看有關(guān)分類(lèi)的兩個(gè)函數(shù) 我們來(lái)一一解決其中的問(wèn)題...
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這個(gè)世界流行離開(kāi)，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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老師您好呀，感謝您的分享，請(qǐng)教一下您，我在使用complexheatmap包的時(shí)候，將列按照指定的factor進(jìn)行了拆分，之后可以用column_order參數(shù)指定列的排序么？但是好像不能成功，是哪個(gè)參數(shù)的問(wèn)題嗎？謝謝！
R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類(lèi)熱圖 ComplexHeatmap(一)
前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類(lèi)熱圖了。 受 pheatmap 包的啟發(fā)，ComplexHeatmap 提供了對(duì)熱圖更多更靈活的控制，如多數(shù)據(jù)熱...
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Heatmap(
gene_cell_exp,
col = col_fun,
name = "expression",
clustering_distance_columns = "spearman",
row_names_gp = gpar(fontsize = 7),
column_names_rot = 45, #列名稱(chēng)傾斜45°
row_split = 5,
column_split = cluster,
cluster_column_slices =FALSE,
column_order =column_order, #column排列順序
column_title = NULL, #不顯示列標(biāo)題
row_title = NULL, #不顯示行標(biāo)題
rect_gp = gpar(col = "black", lwd = 1), #添加黑線條
left_annotation = rowAnnotation(
foo = anno_block(
gp = gpar(fill = 2:4),
labels = c("group1", "group2", "group3"),
labels_gp = gpar(col = "white", fontsize = 10))
)#在左邊添加注釋
)R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類(lèi)熱圖 ComplexHeatmap(一)
前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類(lèi)熱圖了。 受 pheatmap 包的啟發(fā)，ComplexHeatmap 提供了對(duì)熱圖更多更靈活的控制，如多數(shù)據(jù)熱...
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【實(shí)驗(yàn)】流式分選protocol
一、物品準(zhǔn)備 ① 帶蓋流式管（照紫外）② 抗體③ 冰盒 二、步驟 PBMC為例（離心參數(shù)不同） 【1】上樣管準(zhǔn)備 ① 輕吹，收集細(xì)胞離心 300g 5min② 1mL PBS...
