相信很多科研工作者(不包括比我厲害的大佬們)在做轉(zhuǎn)錄組時,都是在公司做測序,然后數(shù)據(jù)也交給公司分析,又然后,期待做個差異分析,得出像下圖那么完美的熱圖。 然而,然而,,我們得...
相信很多科研工作者(不包括比我厲害的大佬們)在做轉(zhuǎn)錄組時,都是在公司做測序,然后數(shù)據(jù)也交給公司分析,又然后,期待做個差異分析,得出像下圖那么完美的熱圖。 然而,然而,,我們得...
請問一下,有些下機數(shù)據(jù)太大,拆分成了好幾個小的文件,這個時候file name該怎么命名呢! 感謝
國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心(NGDC)---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個公共庫,并在文中提供accession number,實現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開共享,這是國際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時只能上傳到美國...
前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個公共庫,并在文中提供accession number,實現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開共享,這是國際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時只能上傳到美國...
scRNAseq免疫細(xì)胞注釋: 免疫細(xì)胞注釋-1:T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2:髓系細(xì)胞[http...
AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集(如gene signature,gene module)的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
莎莎寫于2020.5.1學(xué)校第一批返校的同學(xué)已經(jīng)解封了,我還在賓館隔離我今天在這里立個Flag:每天都要寫簡書?哈哈哈,可能不太現(xiàn)實,但是至少今天是新的一個月的開始要好好學(xué)習(xí)...
一、MultiQC的簡介 二代測序技術(shù)的進(jìn)步催生了高通量測序數(shù)據(jù)的生成。對于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估,每一步分析結(jié)果的評估是后續(xù)結(jié)果可信度的衡量和保障。目前,有許多生信軟件支持測序...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2:批量...
scRNAseq免疫細(xì)胞注釋: 免疫細(xì)胞注釋-1:T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2:髓系細(xì)胞[http...
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眾所周知,seurat在降維之后主要依據(jù)兩個函數(shù)來進(jìn)行細(xì)胞分類,這里我們來深入了解一下seurat如何進(jìn)行細(xì)胞分類的。首先我們來看有關(guān)分類的兩個函數(shù) 我們來一一解決其中的問題...
老師您好呀,感謝您的分享,請教一下您,我在使用complexheatmap包的時候,將列按照指定的factor進(jìn)行了拆分,之后可以用column_order參數(shù)指定列的排序么?但是好像不能成功,是哪個參數(shù)的問題嗎?謝謝!
R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類熱圖了。 受 pheatmap 包的啟發(fā),ComplexHeatmap 提供了對熱圖更多更靈活的控制,如多數(shù)據(jù)熱...
Heatmap(
gene_cell_exp,
col = col_fun,
name = "expression",
clustering_distance_columns = "spearman",
row_names_gp = gpar(fontsize = 7),
column_names_rot = 45, #列名稱傾斜45°
row_split = 5,
column_split = cluster,
cluster_column_slices =FALSE,
column_order =column_order, #column排列順序
column_title = NULL, #不顯示列標(biāo)題
row_title = NULL, #不顯示行標(biāo)題
rect_gp = gpar(col = "black", lwd = 1), #添加黑線條
left_annotation = rowAnnotation(
foo = anno_block(
gp = gpar(fill = 2:4),
labels = c("group1", "group2", "group3"),
labels_gp = gpar(col = "white", fontsize = 10))
)#在左邊添加注釋
)
R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類熱圖了。 受 pheatmap 包的啟發(fā),ComplexHeatmap 提供了對熱圖更多更靈活的控制,如多數(shù)據(jù)熱...
一、物品準(zhǔn)備 ① 帶蓋流式管(照紫外)② 抗體③ 冰盒 二、步驟 PBMC為例(離心參數(shù)不同) 【1】上樣管準(zhǔn)備 ① 輕吹,收集細(xì)胞離心 300g 5min② 1mL PBS...