公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)20210418，獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.itdecent.cn/p/c01f56b...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
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使用coxph 回歸和logrank test對TCGA數(shù)據(jù)做批量生存分析批量生存分析 使用 coxph 回歸方法 批量生存分析 使用 logrank test 方法 參考來源：生信技能樹 友情鏈接： 課程分享生信技能樹全球公益巡講（https:...
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ComplexHeatmap熱圖繪制 | 指定基因在熱圖中標(biāo)記如想獲得圖例代碼和數(shù)據(jù)，請到公眾號(hào)“小杜的生信筆記”中回復(fù)“20220117”，鏈接有效期2022.17-2022.2.17（特別申明：該數(shù)據(jù)僅是演示數(shù)據(jù)，無任何意義） 教程...
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R語言代碼改錯(cuò)① GSEA富集分析出現(xiàn)syntax error
2021.11.20 初版我們進(jìn)行GSEA富集分析的時(shí)候，往往會(huì)遇到Error: near "": syntax error這樣的情況，往往是由于GSEA分析的時(shí)候需要的是e...
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公眾號(hào)：誤入BioInfor的大黃鴨
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為什么使用PHATE進(jìn)行降維博文名稱：Why you should be using PHATE for dimensionality reduction博文鏈接：https://towardsdata...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20211114本周最新文獻(xiàn)速遞20211114 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Mapping the proteo-genomic convergence of human disea...
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addgene或者你看下淼靈質(zhì)粒平臺(tái)
SgRNA and lentiCRISPRv2
SgRNA設(shè)計(jì) 目的基因SgRNA如何設(shè)計(jì)以及載體構(gòu)建 簡單目的SgRNA設(shè)計(jì) 目前SgRNA設(shè)計(jì)網(wǎng)站較多，張鋒實(shí)驗(yàn)室總結(jié)了一下SgRNA設(shè)計(jì)工具h(yuǎn)ttps://zlab.b...
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Scissor：聯(lián)合表型數(shù)據(jù)，Bulk-seq和scRNA的分析軟件前言 作者開發(fā)Scissor的目的是結(jié)合bulk-seq的數(shù)據(jù)，尋找與某一性狀顯著相關(guān)的單細(xì)胞亞群，然后從表型的角度解釋這些細(xì)胞亞群的生物學(xué)意義。作者開發(fā)Scissor的動(dòng)機(jī)...
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WGCNA文檔使用教程本文是對WGCNA英文說明文檔的翻譯，英文的請查看這里[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/...
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R語言繪圖小技巧篇-添加相關(guān)系數(shù)此文內(nèi)容首發(fā)于微信公眾號(hào)：R語言搬運(yùn)工，關(guān)注公眾號(hào)瀏覽更多精彩內(nèi)容 **原文鏈接[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3NDY2MDcyO...
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R語言：pie繪制餅圖導(dǎo)讀 餅圖可以展示整體中各個(gè)部分占整體的比例。利用label，col，border可分別調(diào)整pie圖的標(biāo)簽、餅顏色、邊顏色。如果輸入數(shù)據(jù)是矩陣，即需要繪制很多個(gè)指數(shù)的餅圖，可...
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生信小白--關(guān)于批次效應(yīng)的學(xué)習(xí)及實(shí)戰(zhàn)參考教程：微信公眾號(hào)：生信星球批次效應(yīng)處理實(shí)例：combat和removebatcheffect的對比 特別感謝：人美心善愛護(hù)小白的花花老師小潔忘了怎么分身 作為一個(gè)非常想搞...
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linux環(huán)境中,如何查看某個(gè)軟件包,都依賴哪些軟件包?被哪些軟件包依賴?
需求描述: 今天查看主機(jī)上的一個(gè)軟件ghostscript,準(zhǔn)備刪除,就先看下這個(gè)軟件都依賴哪些軟件, 然后呢被哪些軟件依賴 操作過程: 1.查看這個(gè)軟件依賴哪些軟件(rpm...
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2021-09-18 在線工具biorender繪制機(jī)制圖
AI繪圖和ppt 2D通路模式圖，一般可以用AI或者ppt來做?？梢阅７挛墨I(xiàn)里面的圖片，也就是將模式圖復(fù)制到 AI 的畫布上，調(diào)整透明度，并鎖住該圖層，新建圖層來模仿，模仿可...
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有這樣的想法，還是遠(yuǎn)離生信吧
最近發(fā)現(xiàn)有很些人總是抱怨：生信分析倒是做了很多，但就是沒有好的陽性結(jié)果出來，浪費(fèi)了自己非常多的時(shí)間?？偸菓延杏檬裁崔k法一定可以出陽性結(jié)果的想法，就是一做就可以成功的那種。 如...
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學(xué)習(xí)筆記| RNA-seq之biomart基因注釋biomart是一個(gè)R package，能夠完成基因注釋的工作。在我得到差異表達(dá)基因之后，可以直接使用該包直接注釋。 網(wǎng)絡(luò)上許多代碼已經(jīng)過時(shí)，特此更新用法。 1 安裝 2 p...
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R語言可視化學(xué)習(xí)筆記之ggpubr包Hadley Wickham創(chuàng)建的可視化包ggplot2可以流暢地進(jìn)行優(yōu)美的可視化，但是如果要通過ggplot2定制一套圖形，尤其是適用于雜志期刊等出版物的圖形，對于那些沒有...
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R成精系列-R語言的常用的包
在學(xué)習(xí)R的時(shí)候，R的包眾多，很多時(shí)候?qū)τ诔鯇W(xué)者會(huì)造成很大的困擾就是不知道用什么樣的包比較合適。我會(huì)在不斷使用R的過程中，進(jìn)行使用同時(shí)結(jié)合使用體驗(yàn)為大家推薦合適的R包。避...
