現(xiàn)在我們已經(jīng)具備采用pysam模塊統(tǒng)計(jì)比對(duì)信息的知識(shí)了，這里我們編寫(xiě)一個(gè)程序來(lái)統(tǒng)計(jì)BAM/SAM文件的信息并使用samtools flagstat進(jìn)行驗(yàn)證。 NA12891_...
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71. 《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam統(tǒng)計(jì)比對(duì)信息
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生信實(shí)用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對(duì)較大的bam文件進(jìn)行操作時(shí)，往往相當(dāng)耗時(shí)，所以將一個(gè)很大的bam文件分割為幾個(gè)較小的bam文件，在并行進(jìn)行分析可以大大縮短所需要的時(shí)間。通常來(lái)說(shuō)分割的方法是用ba...
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samtools常用命令詳解
samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具集合。 1. view view命令的主要功能是：將輸入文件轉(zhuǎn)換成輸出文件，通常是將比對(duì)后的sam文件轉(zhuǎn)換為bam文件，...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個(gè)處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...
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利用python中的pysam模塊做一些簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)（BAM文件）說(shuō)點(diǎn)閑話 起因是因?yàn)橛袀€(gè)朋友問(wèn)我能不能處理BAM文件，我找了一下python的確有處理BAM文件的模塊，在沒(méi)有搞清楚能不能做的情況下，我說(shuō)可以沒(méi)問(wèn)題，這B可裝上了天。然后，這...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開(kāi)發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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@Jiao_35aa 不行呢，這個(gè)軟件只能是CG
識(shí)別差異甲基化區(qū)域的軟件 — DMRfinder
翻譯DMRfinder官方說(shuō)明文檔。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位點(diǎn)提取、鑒定以及DMR分析的軟件，具體過(guò)程是：Bismark 軟件...
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awk常用功能--持續(xù)更新
1. awk命令實(shí)現(xiàn)文本內(nèi)容行列轉(zhuǎn)化 awk -F '\t' '{for(i=1;i<=NF;i=i+1){a[NR,i]=$i}}END{for(j=1;j<=NF;j++...
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@劉萬(wàn)成 當(dāng)時(shí)寫(xiě)這些東西時(shí)是剛接觸生信啥也不會(huì)，學(xué)習(xí)的也不深刻，很多細(xì)節(jié)也沒(méi)注意到，后來(lái)有一定的基礎(chǔ)開(kāi)始上班了忙到都忘了自己還有簡(jiǎn)書(shū)了，感謝您的提醒，我自己確實(shí)要為自己寫(xiě)的東西負(fù)責(zé)，我把自己早期寫(xiě)的那些都鎖上了，有時(shí)間的話就更改一下再發(fā)，沒(méi)時(shí)間了就自己留作紀(jì)念了，再次感謝您的提醒。
Homer軟件的介紹-Homer 找 DNA motif
HOMER 是一套用于Motif查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++編寫(xiě)的，是Linux command line based。HOMER ...
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@Kimmygogo 謝謝，學(xué)習(xí)了~
提取文件中指定列包含特定內(nèi)容的所有行(awk VS python)
Bismark用于C位點(diǎn)提取時(shí)是區(qū)分序列環(huán)境的 (如下CX_context.txt文件)，包括：CHH、CG、CHG，現(xiàn)在我只想看 CG 序列環(huán)境（context）的情況，并...
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@山__2edf 學(xué)習(xí)了感謝~
提取文件中指定列包含特定內(nèi)容的所有行(awk VS python)
Bismark用于C位點(diǎn)提取時(shí)是區(qū)分序列環(huán)境的 (如下CX_context.txt文件)，包括：CHH、CG、CHG，現(xiàn)在我只想看 CG 序列環(huán)境（context）的情況，并...
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確實(shí)是，這個(gè)得看自己目的，我們一般只考慮常染色體，所以只下了需要的那部分，如果都需要可以不用按照染色體這么麻煩的下載，直接下載全部完整的fa文件再建立index
運(yùn)行比對(duì)軟件時(shí)如何建立index
使用bowtie/bowtie2進(jìn)行比對(duì)時(shí)，一般不建議自己下載基因組構(gòu)建，建議直接下載索引文件。但是當(dāng)你需要的參考基因組沒(méi)有現(xiàn)成的索引文件時(shí)，還是需要我們自己構(gòu)建index，...
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@風(fēng)笙_b035 確實(shí)不能合并，這是剛開(kāi)始學(xué)的時(shí)候機(jī)械性的跑了一下，后來(lái)才發(fā)現(xiàn)確實(shí)不能合并，就一直沒(méi)改筆記，工作之后就不做chip相關(guān)的了時(shí)間一長(zhǎng)就把它忘記了，謝謝提醒，我得改下了~
Chip-Seq數(shù)據(jù)處理— 上游篇
Chip-Seq數(shù)據(jù)是這篇文章里的：Super-Enhancers Promote Transcriptional Dysregulation in Nasopharynge...
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deeptools bamCoverage無(wú)法識(shí)別bam文件
bamCoverage識(shí)別不了test.bam文件 查看deeptools功能 看起來(lái)，deeptools一切正常； 查看deeptools版本信息 重新安裝deeptool...
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[linux] 大批量刪除任務(wù)一不小心投了巨多任務(wù)，或者投遞的資源不合理時(shí)，想批量殺掉這些任務(wù)。 kill的方法就不說(shuō)了，我這里用qdel的方法。用了這么一條命令： 再用qdel刪除即可。這里還是用了兩步...
個(gè)人介紹
簡(jiǎn)書(shū)是我在學(xué)習(xí)別人東西的過(guò)程中記筆記的地方，以便自己不斷查閱復(fù)習(xí)，同時(shí)通過(guò)不斷的輸出來(lái)暴露自己的短處從而不斷的進(jìn)步。大家留言問(wèn)的問(wèn)題我都看到了，沒(méi)有回復(fù)是因?yàn)樽约簩W(xué)藝不精不能準(zhǔn)確答復(fù)，望諒解~