以Pacific Biosciences （PacBio）公司為代表的第三代單分子實(shí)時(shí)熒光測(cè)序平臺(tái)為以測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)的科學(xué)研究帶來(lái)了革命性的突破。目前該技術(shù)廣泛應(yīng)用于基因組Den...
發(fā)簡(jiǎn)信
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全基因組 - 人類基因組變異分析（PacBio) （5）-- pbsv -
DaPars——APA分析3’UTR
Backgroud APA（alternative polyadenylation）在大多數(shù)人類基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。通過(guò)使用不同的多聚腺苷酸化(poly(A))...
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IsoformSwitchAnalyzeR 可變剪切分析曾經(jīng)我用 rMATS 進(jìn)行可變剪切分析，現(xiàn)在我覺(jué)得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下。 In su...
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基因家族分析（5）：基因家族基因結(jié)構(gòu)可視化本文主要工作：對(duì)SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu)，無(wú)非就是展示基因區(qū)域的組成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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GFF文件和基因組文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來(lái)我們利用組合工具來(lái)提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 參數(shù)（能區(qū)分正反鏈...
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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具無(wú)論是Windows，MacOS, Linux桌面的用戶，你都可以也會(huì)使用。 寫(xiě)在前面 伴隨基因組測(cè)序的普及，越來(lái)越多物種的基因組測(cè)序項(xiàng)目開(kāi)展并報(bào)道，為科研工作者提供了更為全...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié): vsearch
本次筆記內(nèi)容：vsearch超簡(jiǎn)介紹install vsearch (linux)常用command vsearch超簡(jiǎn)介紹 usearch的可靠替代，代碼開(kāi)源，沒(méi)有數(shù)據(jù)量大...
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利用minimap2和samtools簡(jiǎn)化目標(biāo)基因組拼接
最近打算測(cè)一些干燥材料和標(biāo)本材料的淺層基因組，有些材料降解嚴(yán)重，拼接的過(guò)程可能會(huì)比較困難。由于我們的目標(biāo)主要是轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)，所以試試看能不能在拼接之前將與轉(zhuǎn)錄組無(wú)關(guān)的序列直接...
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一文闡述鏈特異性測(cè)序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對(duì)于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個(gè)問(wèn)題的理解給...
