lftp代碼那里星號(hào)是密碼不是用戶名
使用LFTP+FileZilla向GEO數(shù)據(jù)庫上傳數(shù)據(jù)寫在前面向GEO數(shù)據(jù)庫中上傳高通量測(cè)序的文件可能是一個(gè)人研究生階段必須要經(jīng)歷的過程，如果不太了解高通量測(cè)序也不具備linux基本操作的話，可能會(huì)費(fèi)一番工夫。我采用的是LFTP...
IP屬地：甘肅
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科研阿紅 ·
統(tǒng)一回復(fù)，希望能幫到大家：query時(shí)2) Query parameters選擇數(shù)據(jù)庫latest就會(huì)出現(xiàn)detailed list和heatmap不對(duì)的情況，但是選擇1.0就沒問題！
廣而告之！NICE_AGIS 評(píng)論自cMAP新版clue的使用——query -
大佬你有什么醫(yī)學(xué)生信分析的交流群可以分享下嗎??最近剛開始學(xué)，問題比較多
wilcox.test 進(jìn)行 RNAseq 差異表達(dá)基因分析
如果拿到的表達(dá)譜不是原始的read counts數(shù)據(jù)而是TPM值，就不能用包（比如DESeq2）來進(jìn)行差異表達(dá)基因分析。我們可以手動(dòng)用wilcox.test 函數(shù)手動(dòng)進(jìn)行分析...
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你好我想問一下，我下的數(shù)據(jù)作者文章里說是PE，但是轉(zhuǎn)換完了也還是只有一個(gè)文件這是怎么回事，miRNA-seq的文件
fastq-dump從SRA文件中提取fastq文件
fastq-dump是SRAtoolkit中使用頻率很高的命令，用于從SRA文件中拆解提取fastq文件。具體用法如下： 一. 拆解一個(gè)sra文件 SRR6232298.sr...
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就是直接分析是吧
wilcox.test 進(jìn)行 RNAseq 差異表達(dá)基因分析
如果拿到的表達(dá)譜不是原始的read counts數(shù)據(jù)而是TPM值，就不能用包（比如DESeq2）來進(jìn)行差異表達(dá)基因分析。我們可以手動(dòng)用wilcox.test 函數(shù)手動(dòng)進(jìn)行分析...
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樓主樓主我想問下，我從geo下的RNA-seq的表達(dá)矩陣，里面geneid里有很多不是用ensg命名的，這些行該咋處理，有很多是和genename一樣的行。
wilcox.test 進(jìn)行 RNAseq 差異表達(dá)基因分析
如果拿到的表達(dá)譜不是原始的read counts數(shù)據(jù)而是TPM值，就不能用包（比如DESeq2）來進(jìn)行差異表達(dá)基因分析。我們可以手動(dòng)用wilcox.test 函數(shù)手動(dòng)進(jìn)行分析...
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你好樓主，我是直接從geo下載的作者上傳的expression.xlsx文件，里面的gene_id里面有很多費(fèi)ENSG命名的ID還有類似于AA174084這種類型的ID，這些id能轉(zhuǎn)換嗎？還是直接刪除掉只保留ENSGID的行呢？
一個(gè)RNA-seq實(shí)戰(zhàn)-超級(jí)簡(jiǎn)單-2小時(shí)搞定
這是原帖http://www.bio-info-trainee.com/2218.html[http://www.bio-info-trainee.com/2218.html...
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請(qǐng)問樓主，我直接從geo下載的作者上傳的expression.xlsx文件，里面的gene_id里面有很多費(fèi)ENSG命名的ID還有類似于
AA174084
AB447886
AB458446
這周類型的ID，這些id能轉(zhuǎn)換嗎？還是直接刪除掉只保留ENSGID的行？RNAseq數(shù)據(jù)，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析
這個(gè)推文已經(jīng)發(fā)布在生信技能樹公眾號(hào)： RNAseq數(shù)據(jù)，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析 文獻(xiàn)標(biāo)題是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
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哦哦好吧
Rprofile -- 自定義你的R啟動(dòng)方式
Rprofile 文件位于R安裝目錄下的library/base/R/Rprofile，沒錯(cuò)，是在base包下面。 相當(dāng)于配置文件的功能，打開之后可以看到預(yù)設(shè)了很多東西，比如...
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@正經(jīng)昵稱征集中 鏈接好像壞掉了=。=
Rprofile -- 自定義你的R啟動(dòng)方式
Rprofile 文件位于R安裝目錄下的library/base/R/Rprofile，沒錯(cuò)，是在base包下面。 相當(dāng)于配置文件的功能，打開之后可以看到預(yù)設(shè)了很多東西，比如...
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@正經(jīng)昵稱征集中 灰常感謝！
Rprofile -- 自定義你的R啟動(dòng)方式
Rprofile 文件位于R安裝目錄下的library/base/R/Rprofile，沒錯(cuò)，是在base包下面。 相當(dāng)于配置文件的功能，打開之后可以看到預(yù)設(shè)了很多東西，比如...
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我的ubuntu20.04的前幾天運(yùn)行的時(shí)候正常的，后來一天突然報(bào)錯(cuò)了，中級(jí)安裝了其他的包可能信息不知道哪里給覆蓋了，然后直接conda重裝fastqc就好了
使用java命令出現(xiàn)Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again的錯(cuò)誤
運(yùn)行Java程序，javac運(yùn)行.java文件沒有報(bào)錯(cuò)，但java運(yùn)行的時(shí)候報(bào)錯(cuò) 仔細(xì)看一下報(bào)錯(cuò) 執(zhí)行 java -version 和 javac - version 一下發(fā)...
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小號(hào)請(qǐng)關(guān)注——生信教學(xué)網(wǎng)
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你好我想問下那個(gè)colorout的包是從哪里安裝的，我看R官網(wǎng)說是沒有新版的了，被從鏡像庫里移除了只有舊版的了
Rprofile -- 自定義你的R啟動(dòng)方式
Rprofile 文件位于R安裝目錄下的library/base/R/Rprofile，沒錯(cuò)，是在base包下面。 相當(dāng)于配置文件的功能，打開之后可以看到預(yù)設(shè)了很多東西，比如...
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Linux下載安裝featureCounts軟件下載軟件 二進(jìn)制版本的軟件解壓就可使用 解壓后進(jìn)入文件夾的bin 運(yùn)行這個(gè)軟件就是帶上全部路徑 運(yùn)行后出現(xiàn)了幫助文檔，就是代表安裝成功可以使用
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CIBERSORT 免疫浸潤(rùn)(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤(rùn)計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
