首先，標(biāo)準(zhǔn)化的英文是Standardization，歸一化的英文是Normalization，正則化的英文是Regularization。標(biāo)準(zhǔn)化是特征縮放的一種方式，需要注意...
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正則化，歸一化，標(biāo)準(zhǔn)化的區(qū)別與聯(lián)系 -
[R構(gòu)建函數(shù)基礎(chǔ)篇] 計算多樣性指數(shù)及繪圖本節(jié)來介紹如何R來自定義構(gòu)建函數(shù)來進行多樣性指數(shù)計算及繪圖 加載R包 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 定義函數(shù)計算多樣性指數(shù) 導(dǎo)出指數(shù)計算結(jié)果 整理繪圖文件 在此選取我們需要的數(shù)據(jù)來進行展示 定義...
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三代測序數(shù)據(jù)組裝三代數(shù)據(jù)組裝 Pacbio CLR & Nanopore: 50X~100X，最低不能低于30XPacbio HiFi : 25X 以上 三代讀長的優(yōu)勢 推薦軟件 canu ...
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三代測序數(shù)據(jù)組裝（補充）nextdenovo nextdenovo 最初開發(fā)用于nanopore 數(shù)據(jù)拼接，也支持pacbio CLR 和HiFi 數(shù)據(jù)做輸入。軟件運行速度較快。 下載地址：http...
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利用minimap2和samtools簡化目標(biāo)基因組拼接
最近打算測一些干燥材料和標(biāo)本材料的淺層基因組，有些材料降解嚴(yán)重，拼接的過程可能會比較困難。由于我們的目標(biāo)主要是轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)，所以試試看能不能在拼接之前將與轉(zhuǎn)錄組無關(guān)的序列直接...
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windows 下的blast+安裝以及使用
blast+的安裝 1.程序下載：訪問blast本地軟件包鏈接 blast_latest下載適合自己系統(tǒng)的blast版本。2.安裝流程：下載完畢后，雙擊安裝到C:\Blast...
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理解并操作BAM文件經(jīng)過了第四節(jié)的長文，我想大家基本上已經(jīng)知道了一個WGS流程該如何構(gòu)建起來了吧。但在那一節(jié)中限于篇幅有兩個很重要的文件我沒能展開來講，分別是：BAM和VCF文件。這篇我們先說B...
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基因組瀏覽器、BAM文件可視化工具（1）--- Tablet在高通量測序數(shù)據(jù)的處理中（例如，在重測序研究、組裝結(jié)果的re-mapping校正中），我們經(jīng)常會將測序reads與參考序列進行比對（常見的如BWA、Bowtie等工具），并將...
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從bam/sam 生成可視化 IGV .tdf 文件；Generating .tdf from bam/sam for IGV
Chinese version: 寫在前面：半吊子生信人，一路摸摸索索各種查，為了避免忘記，還是做個記錄吧 （所以參數(shù)如何改之類還是建議查官網(wǎng)） 老板給我sam文件，問能不能...
