ChIP-seq試驗普遍用于探究蛋白質(zhì)與核酸的結(jié)合作用。例如最常見的，期望獲得某個轉(zhuǎn)錄因子的功能，查看它結(jié)合到哪些基因啟動子區(qū)域并調(diào)控它們的轉(zhuǎn)錄，以及更高級的分析識別該轉(zhuǎn)錄因...
IP屬地：廣東
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使用R包ChIPseeker實現(xiàn)對ChIP-seq peaks的注釋 -
基于圖形泛基因組的Reads比對的審閱與可視化最近研究中遇到個問題，就是翻來覆去似乎并沒有找到類似IGV那種看read比對的基于圖型泛基因組的基因組瀏覽器emmm。。 因此，我們決定，自己做一個！VAG誕生了效果如下an...
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GWAS位點簡單進行峰拆分輸出QTNs并基于GFF關(guān)聯(lián)基因
來自rMVP的關(guān)聯(lián)后的數(shù)據(jù)；峰拆分輸出QTNsgetposQTNs.py 基于GFF關(guān)聯(lián)基因，以水稻RAP注釋為例（locus.gff文件；https://rapdb.dna...
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Python根據(jù)注釋表實現(xiàn)基于超幾何分布的Go/KEGG, enrichment分析拿著一個DEGs的list和基因functional annotation竟然沒有找到簡單的腳本一健生成Go或者Kegg的富集結(jié)果,啊這?。赡苁俏覒械谜野桑?有需求就自己寫...
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無需深度學(xué)習(xí)框架，如何從零開始用Python構(gòu)建神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
這是一份用于理解深度學(xué)習(xí)內(nèi)部運作方式的初學(xué)者指南。作者根據(jù)自己從零開始學(xué)習(xí)用 Python 構(gòu)建神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的經(jīng)驗，編寫了一份攻略。內(nèi)容涵蓋神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)定義、損失函數(shù)、前向傳播、反向...
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為了研究性行為，奇葩科學(xué)家都做了哪些實驗？
性行為，一種私密又讓人充滿好奇的行為。在我們觀察研究這個世界的時候，這個課題又怎能不引起科學(xué)家們的好奇與探索？ 在《瘋狂實驗史》這本書中，作者就記錄了科學(xué)家們對于這個課題所做...
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超簡單python腳本實現(xiàn)Selenium+Xpath框架下批量自動通過文章名字識別文章類型并下載(還有不靠譜的機讀)在這個不平凡的2020的最后幾天，林小姐的Group project分工分到了對155篇文章進行是否是RCT（Randomized Controlled Trial）研究的判...
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兒童節(jié)禮物！常用水稻數(shù)據(jù)庫及生信在線平臺總結(jié)兒童節(jié)嘛，就稍微用我與兒童一致的粗淺學(xué)識總結(jié)一下 水稻表達譜數(shù)據(jù)庫1 efp(非常全面)：http://bar.utoronto.ca/efp_rice/cgi-bin/ef...
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畫一棵屬于你的小櫻花吧！一鍵畫出生成一株屬于你的小櫻花 下載地址：https://github.com/lipingfangs/drawyourlittletree（主頁面點擊clone or do...
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沒啊我寫的這個就是生成矩陣的代碼 要用resfinder.py生成的result做原材料 用這個腳本生產(chǎn)矩陣
超簡單python腳本實現(xiàn)從resfinder+blast下機數(shù)據(jù)到csv抗性基因矩陣
今天還是在做張阿姨的項目，還是那100多個菌，她說要blast一下抗性基因，那就比咯，最出名與權(quán)威的的細(xì)菌抗性基因庫自然肯定是resfinder了。 寫個循環(huán)，刷刷弄完真開心...
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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超簡單python腳本實現(xiàn)從resfinder+blast下機數(shù)據(jù)到csv抗性基因矩陣今天還是在做張阿姨的項目，還是那100多個菌，她說要blast一下抗性基因，那就比咯，最出名與權(quán)威的的細(xì)菌抗性基因庫自然肯定是resfinder了。 寫個循環(huán)，刷刷弄完真開心...
